肛周脓肿术后40天能否彻底恢复需结合病情、手术方式及护理情况综合判断，部分患者可达临床愈合，但复杂病例或护理不当者可能需更长时间。
若为单纯性肛周脓肿，手术创面较小且位置较浅，术后护理得当（如保持伤口清洁、饮食清淡、避免剧烈运动），40天左右切口通常可初步愈合，疼痛、肿胀等症状明显减轻，排便功能基本恢复正常，达到临床治愈标准。
然而，若为复杂性肛周脓肿（如涉及多个间隙、瘘管形成），或采用切开根治术（创面较大），术后40天可能仅完成组织修复的初期阶段，完全愈合需1-3个月甚至更久。此外，若术后护理不当（如感染、便秘），或患者体质较差（如老年、合并糖尿病等慢性病），恢复时间也会相应延长。
