肛瘘手术费用受地区差异、病情严重程度、医院等级等因素的影响，一般需6千至3万元。
1.地区差异
不同地区的医疗资源配置、物价水平存在差异，肛瘘手术费用有所不同。一般来说，一线城市三甲医院的肛瘘手术费用相对较高，可能在1万～3万元；而三四线城市的普通医院，费用大概在5千～2万元。这是因为一线城市医疗成本、人力成本等较高，导致手术相关费用提升。
2.病情严重程度
单纯性肛瘘病情相对简单，手术方式相对常规，费用一般在6千～1.5万元。这类肛瘘通常瘘管较单一，手术操作相对容易，恢复相对较快，所以整体费用处于较低区间。复杂性肛瘘较为复杂，可能有多条瘘管、分支等情况，手术难度增大，需要更复杂的操作和更长时间的术后恢复，费用会相应升高，一般在1.5万～5万元甚至更高。
3.医院等级
医院等级不同，收费标准有别。三甲医院技术力量雄厚、设备先进，但收费相对较高；普通医院收费则相对较低。例如，三甲医院的肛瘘手术费用可能比普通医院高20%～50%不等，主要是因为三甲医院在医疗技术、专家资源等方面投入更多。
