结膜炎若未及时有效控制炎症可波及角膜致视力下降，慢性结膜炎长期刺激可引发睑球粘连、泪道阻塞，某些特殊类型结膜炎如淋菌性结膜炎等有全身感染风险，尤其新生儿及免疫功能低下人群更需重视。
结膜炎若未得到及时有效的控制，炎症可能波及角膜，引发角膜炎症。角膜是眼睛重要的屈光介质，一旦角膜受影响，会导致视力下降。例如，细菌性结膜炎严重时，病原体可能侵袭角膜，引起角膜炎，据相关研究表明，约有10%-20%的细菌性角膜炎是由结膜炎蔓延所致，患者会出现视物模糊、怕光、流泪等症状，严重影响日常生活和工作。对于儿童患者，由于其眼部发育尚未完全，结膜炎加重累及角膜时，可能对未来视力发育造成更严重的影响，如导致永久性的视力损害。
引发其他眼部疾病
睑球粘连：慢性结膜炎长期刺激眼部组织，可导致睑结膜与球结膜发生粘连。这会影响眼球的正常运动，使患者感觉眼部有异物感，转动眼球时可能出现不适。在一些慢性结膜炎病史较长的患者中较为常见，尤其是一些特殊类型的慢性结膜炎，如春季卡他性结膜炎，如果病情控制不佳，更容易出现睑球粘连的并发症。
泪道阻塞：结膜炎症可能蔓延至泪道，引起泪道黏膜充血、肿胀，进而导致泪道阻塞。患者会出现流泪不止的症状，长期流泪还可能引发眼睑皮肤湿疹等问题。对于老年患者，本身泪道功能有一定退化，结膜炎加重时更易发生泪道阻塞，且恢复相对困难。
全身感染风险（少见但需重视）
某些特殊类型的结膜炎，如淋菌性结膜炎，具有很强的传染性，且病情发展迅速。淋球菌性结膜炎若未得到及时治疗，细菌可能进入血液，引发全身感染，如菌血症等。这种情况在新生儿中相对常见，新生儿通过产道时感染淋球菌，若结膜炎未得到有效控制，细菌可通过血液循环扩散到全身，引起发热、寒战等全身症状，严重威胁新生儿的生命健康。对于免疫功能低下的人群，如患有艾滋病、糖尿病控制不佳等患者，结膜炎加重时也更容易发生全身感染的情况，因为他们的身体抵抗力较弱，无法有效抵御病原体的扩散。
