屈光参差的病因包括先天性因素和后天性因素。先天性因素有遗传因素使后代发病概率增加，以及眼球发育异常致双眼屈光状态不同；后天性因素包括眼部疾病改变屈光力、眼部外伤影响结构和屈光状态、不良用眼习惯干扰眼球发育、全身疾病影响眼部代谢或营养致屈光度数不等。
先天性因素
遗传因素：遗传在屈光参差的发生中起一定作用。如果家族中有屈光参差的病史，那么后代发生屈光参差的概率可能会增加。例如，某些与眼球发育相关的基因异常可能遗传给子代，影响眼球的大小、形状以及屈光状态的发育，导致双眼屈光度数出现差异。
眼球发育异常：在胎儿发育阶段，眼部结构的异常发育可引发屈光参差。比如，一侧眼球的晶状体发育异常，导致其屈光力与另一侧不同；或者双眼的眼轴长度差异较大，眼轴较长的一侧通常近视度数更高，眼轴较短的一侧远视度数可能更明显。这种眼球发育过程中的先天性异常在新生儿中可能就已存在，随着年龄增长，屈光参差的情况可能会逐渐显现并加重。
后天性因素
眼部疾病：一些眼部疾病会引起屈光参差。例如，单眼的角膜病变，如角膜瘢痕、角膜营养不良等，会改变角膜的曲率，进而影响该眼的屈光力。又如，单眼的白内障，晶状体混浊会导致其屈光指数发生变化，使得患眼与健眼的屈光状态不同。另外，视网膜病变也可能影响屈光状态，如单眼的视网膜脱离，会打破眼内的屈光平衡，造成双眼屈光参差。
眼部外伤：眼部受到外伤后，可能会影响眼球的结构和屈光状态。比如，眼球顿挫伤可能导致晶状体脱位，改变晶状体的位置和屈光力；眼内异物伤如果损伤了角膜或晶状体等结构，也会引起屈光参差。外伤后眼部组织的修复过程也可能出现异常，进一步加重屈光参差的程度。
不良用眼习惯：长期的不良用眼习惯也可能导致屈光参差。例如，长期只用一侧眼睛进行近距离工作，如阅读、使用电子设备等，会使该侧眼睛的调节和集合功能长期处于一种不平衡状态，影响眼球的发育，导致双眼屈光度数逐渐出现差异。此外，偏食等导致营养摄入不均衡的情况，也可能影响眼部的正常发育，增加屈光参差的发生风险。对于儿童来说，不良用眼习惯对屈光参差的影响更为明显，因为儿童的眼球仍处于发育阶段，更容易受到外界因素的干扰。在学龄儿童中，如果经常侧卧看书、在光线过暗或过亮的环境下用眼等，都可能干扰双眼的正常屈光发育，使得双眼屈光度数逐渐出现不等的情况。而对于成年人，长期的不良用眼习惯如果不加以纠正，也可能使原本就存在微小差异的屈光状态进一步恶化，导致明显的屈光参差。
全身疾病：某些全身疾病也可能与屈光参差的发生有关。例如，糖尿病患者如果血糖控制不佳，可能会影响眼部的代谢，导致晶状体渗透压改变，引起晶状体屈光力的变化，从而造成双眼屈光度数不同。又如，一些影响身体营养代谢的疾病，如维生素缺乏症等，也可能干扰眼部组织的正常发育和屈光状态的维持，增加屈光参差的发病几率。在不同年龄段的人群中，全身疾病对屈光参差的影响有所不同。儿童时期如果患有影响全身营养代谢的疾病，会严重干扰眼球的正常发育，大大增加屈光参差的发生可能性；而成年人患有全身疾病时，可能会在原有屈光状态的基础上，促使屈光参差的情况加重。
