真菌肺部感染的严重程度差异较大，与感染真菌种类、患者免疫状态、基础疾病等有关。
对于免疫功能正常的患者，如果感染的是致病性较弱的真菌，如曲霉菌、念珠菌等，且感染范围较小，可能仅出现咳嗽、咳痰、低热等轻微症状，及时遵医嘱使用氟康唑、伊曲康唑等抗真菌药物治疗后，多数患者可在数周至数月内康复，病情相对不严重。
但对于免疫功能低下的人群，如艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂者、老年人等，感染真菌后病情往往较为严重，可能迅速发展为重症肺炎，出现高热、呼吸困难、咯血等症状，还可能引发真菌血症、多器官功能衰竭等并发症，治疗难度大，死亡率较高，需及时采取强效抗真菌治疗和支持治疗措施。
