肾囊肿常见症状有无症状表现，多数早期无自觉症状体检时偶然发现；有症状表现包括腰部腹部不适或疼痛（囊肿增大牵拉压迫或出血感染破裂时加剧，长期重体力劳动或有基础肾脏疾病者需关注）、血尿（囊肿壁血管破裂致镜下或肉眼血尿，儿童出现需警惕）、腹部肿块（较大囊肿时可摸到，双侧较大囊肿更易触及，瘦人易摸到）、高血压（囊肿压迫致肾素-血管紧张素-醛固酮系统激活，年龄大或有家族高血压史者需密切监测）、肾功能损害（多发且体积大时破坏肾脏结构功能，年龄大或有基础肾脏疾病者易加速）。
无症状表现
多数肾囊肿患者早期没有明显的自觉症状，这是因为囊肿较小时，对肾脏的结构和功能影响不大，通常是在体检做肾脏超声等检查时偶然发现。例如，一些单纯性肾囊肿直径小于2-3厘米时，可能长期没有任何不适，年龄因素在其中有一定影响，随着年龄增长，肾囊肿的发生率会有所升高，50岁以上人群通过超声检查发现肾囊肿的比例相对较高。
有症状表现
腰部、腹部不适或疼痛：当囊肿增大到一定程度，可能会牵拉肾包膜、压迫周围组织或器官，从而引起腰部或腹部的隐痛、胀痛等不适。一般疼痛程度不一，有的患者可能只是感到腰部隐隐发酸，有的则疼痛较为明显。如果囊肿发生出血、感染或破裂等情况，疼痛可能会加剧，呈剧烈的绞痛样。生活方式方面，如果长期从事重体力劳动等，可能会加重这种不适，因为腰部的活动等会对增大的囊肿产生更多刺激。对于有基础肾脏疾病病史的患者，肾囊肿增大引起的腰部、腹部不适可能更易被察觉，且需要更密切关注。
血尿：部分患者可能出现镜下血尿或肉眼血尿。镜下血尿需要通过实验室检查尿液才能发现红细胞增多，肉眼血尿则可观察到尿液呈红色。囊肿壁血管破裂是导致血尿的常见原因之一，当囊肿增大时，囊壁上的血管受到牵拉等，可能发生破裂出血，从而引起血尿。不同性别在血尿表现上可能没有明显差异，但女性在月经期间可能会干扰血尿的判断，需要注意区分。对于儿童患者出现血尿时，要高度警惕肾囊肿等肾脏疾病的可能，因为儿童肾脏相关疾病相对较少见但一旦出现需及时排查。
腹部肿块：当肾囊肿较大时，有的患者可在腹部摸到肿块。一般是在双侧肾脏都有较大囊肿时更容易触及，肿块质地通常较软，表面光滑。随着囊肿大小不同，肿块的大小也不一样。生活方式中，如果患者本身较瘦，可能更容易摸到腹部肿块，而体型较胖的人可能摸到相对困难。对于有家族遗传肾脏疾病病史的人群，出现腹部肿块时要更积极排查肾囊肿等情况。
高血压：肾囊肿可能会引起高血压，机制主要是囊肿压迫肾脏，导致肾素-血管紧张素-醛固酮系统激活，从而使血压升高。这种高血压有时可能比较顽固，难以单纯通过一般的降压药物完全控制。年龄较大的患者如果合并肾囊肿出现高血压，需要综合考虑肾囊肿对血压的影响以及整体的治疗方案。对于有高血压家族史的人群，合并肾囊肿时更要密切监测血压，因为两者可能相互影响，加重病情。
肾功能损害：当肾囊肿多发且体积较大时，可能会逐渐破坏肾脏的正常结构和功能，导致肾功能减退。早期可能仅有肾小球滤过率轻度下降等，随着病情进展，可能出现血肌酐升高等情况。不同年龄阶段的患者，肾功能损害的进展速度可能不同，一般年龄较大的患者肾功能储备相对较差，肾囊肿对肾功能的影响可能更易导致肾功能较快恶化。有基础肾脏疾病的患者，如既往有肾小球肾炎等病史，合并肾囊肿后肾功能损害可能会加速。
