阴茎短小受多种因素影响，遗传基因起重要作用，内分泌因素中睾酮等激素异常会影响发育，胚胎期发育问题、尿道下裂等畸形伴随也会导致，肥胖使雄激素转化为雌激素致水平降低且会掩埋阴茎，生活方式上不良饮食、缺乏运动、吸烟酗酒不利发育，疾病方面慢性疾病、内分泌疾病等会有影响，儿童和成年男性若有相关情况应就医，保持健康生活方式很重要。
内分泌因素
睾酮水平：睾酮是影响男性生殖器官发育的重要性激素。在胚胎时期以及青春期的正常发育过程中，睾酮的分泌量和作用正常与否至关重要。如果在胎儿期或青春期，体内睾酮分泌不足，或者靶器官对睾酮的敏感性降低，都会影响阴茎的正常生长发育，导致阴茎短小。例如，先天性睾丸发育不全综合征患者，由于睾丸功能异常，睾酮分泌减少，常伴有阴茎短小等表现。
其他激素甲状腺激素等也参与身体代谢与生长发育的调节，若这些激素分泌异常，也可能间接影响阴茎的发育。甲状腺功能减退时可能会影响机体的整体代谢水平，从而对包括生殖器官在内的身体各部分发育产生不利影响。
发育异常
胚胎期发育问题：在胚胎发育的关键时期，如阴茎的原始组织分化形成阶段，如果出现异常情况，可能导致阴茎发育受限。例如，母亲在孕期受到某些不良因素影响，如感染风疹病毒等，可能干扰胎儿生殖系统的正常发育，使得阴茎在出生时就较为短小。
尿道下裂等畸形伴随：尿道下裂等先天性生殖系统畸形往往也可能伴有阴茎短小的表现。这些畸形的存在会影响阴茎的正常形态和发育进程，导致阴茎长度和外观与正常情况有所不同。
肥胖因素
过度肥胖的男性中，阴茎短小的比例相对较高。这是因为肥胖者体内的脂肪会过多地将雄激素芳香化转化为雌激素，导致体内雄激素水平相对降低，从而影响阴茎的发育。同时，肥胖可能会导致会阴部脂肪堆积，使得阴茎部分被掩埋，从外观上看起来阴茎短小，但实际上其本身的发育可能也存在一定问题。
生活方式因素
不良饮食习惯：长期挑食、偏食等导致营养摄入不均衡，缺乏促进阴茎正常发育所需的营养物质，如蛋白质、锌、维生素等，可能影响阴茎的正常生长。例如，锌元素对于维持男性生殖系统的正常功能和发育至关重要，长期缺锌会影响性激素的合成和生殖器官的发育。
缺乏运动：缺乏体育锻炼会影响身体的整体代谢和内分泌调节，不利于生殖系统的正常发育。运动能够促进血液循环，保证各器官组织得到充足的血液供应，包括生殖器官。长期缺乏运动可能导致生殖器官局部血液循环不畅，影响其正常发育。
吸烟酗酒：吸烟产生的尼古丁等有害物质以及酗酒都会对身体的血管和内分泌系统产生不良影响。吸烟会导致血管收缩，减少生殖器官的血液供应；酗酒会干扰肝脏等器官对激素的代谢，影响性激素平衡，从而不利于阴茎的正常发育，增加阴茎短小的发生风险。
疾病因素
慢性疾病：一些慢性疾病，如糖尿病、慢性肾功能不全等，会影响身体的代谢功能和内分泌调节。糖尿病患者长期高血糖状态可能会损害血管和神经，影响生殖器官的血液供应和神经传导，进而影响阴茎的发育和功能；慢性肾功能不全患者由于肾脏功能受损，可能会影响激素的代谢和排泄，导致体内激素水平失衡，影响生殖器官发育。
内分泌疾病：除了前文提到的甲状腺疾病外，垂体疾病等也可能导致阴茎短小。垂体是内分泌系统的重要器官，能够分泌多种激素调节身体各部分的功能。垂体瘤等疾病可能会影响促性腺激素等的分泌，从而影响睾丸的功能和阴茎的发育。
对于儿童而言，家长应关注其生长发育情况，若发现阴茎明显异于同龄人，需及时就医排查是否存在发育异常等问题；对于成年男性，若自觉阴茎短小影响生活质量等，也应及时到正规医院就诊，明确原因并采取相应的合理措施。同时，保持健康的生活方式，如均衡饮食、适量运动、戒烟限酒等，对于维持生殖器官的正常发育和功能具有重要意义。
