矮小症的发生与遗传、内分泌、骨骼系统、营养、其他等多因素相关。遗传因素可致基因异常影响生长发育；内分泌因素中生长激素缺乏等、甲状腺功能减退、性激素分泌异常均会影响；骨骼系统疾病如软骨发育不全等会使骨骼生长受限；营养方面营养不良或过剩都可引发；慢性疾病及心理因素也会对儿童生长发育产生不良影响。
内分泌因素
生长激素缺乏或分泌异常：生长激素（GH）是促进骨骼生长和身体发育的重要激素。垂体前叶分泌生长激素不足，会导致儿童生长缓慢，出现矮小症。例如，垂体发育异常、下丘脑病变等都可能引起生长激素分泌减少。生长激素缺乏的儿童通常身高增长速率明显低于同龄人，骨龄也往往落后于实际年龄。
甲状腺功能减退：甲状腺激素对身体的生长发育，尤其是骨骼和神经系统的发育至关重要。甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响儿童的生长速度，导致身材矮小，同时还可能伴有智力发育迟缓、基础代谢率降低等表现。甲状腺功能减退引起的矮小症在新生儿期可能不易被发现，通过新生儿筛查可以早期诊断，及时补充甲状腺激素可改善预后。
性激素分泌异常：青春期时，性激素的分泌对身高的增长有重要作用。过早或过晚的性激素分泌异常都可能影响身高。例如，性早熟的儿童可能在早期身高增长较快，但由于骨骺过早闭合，最终身高反而低于正常；而性激素分泌不足的情况也会导致生长发育迟缓，引起矮小症。
骨骼系统疾病
软骨发育不全：这是一种常见的先天性软骨发育障碍性疾病，主要是由于成纤维细胞生长因子受体3基因发生突变所致。患者的长骨生长板软骨细胞增殖和分化异常，导致骨骼生长受限，表现为四肢短粗、身材矮小，头颅相对较大等特征。软骨发育不全具有明显的遗传特点，多数为常染色体显性遗传，患者的父母中可能有一方携带致病基因。
先天性骨发育不良：包括多种不同类型，如成骨不全等。成骨不全患者的骨胶原合成异常，导致骨骼脆弱、易骨折，同时也会影响骨骼的正常生长，引起身材矮小。这类疾病的症状和严重程度因具体类型而异，一些患者可能在出生后就表现出明显的骨骼异常，影响生长发育。
营养因素
营养不良：儿童时期如果长期摄入不足、营养不均衡，会影响身体的生长发育。例如，蛋白质、能量、维生素（如维生素D等）、矿物质（如钙、磷等）的缺乏都可能导致矮小症。蛋白质是身体生长发育的重要物质基础，长期蛋白质摄入不足会影响肌肉和骨骼的生长；维生素D缺乏会影响钙的吸收和利用，进而影响骨骼的钙化和生长；钙、磷等矿物质缺乏也会直接影响骨骼的正常发育。在一些贫困地区或喂养不当的儿童中，营养不良导致的矮小症较为常见。
营养过剩：近年来，由于生活水平提高，儿童营养过剩导致肥胖的情况增多，而肥胖可能会引起内分泌紊乱，影响生长激素的分泌和作用，也可能导致骨骺过早闭合，从而影响最终身高，出现相对于正常身高增长受限的情况，甚至可能引发矮小症相关问题。
其他因素
慢性疾病：一些慢性疾病如先天性心脏病、慢性肾病、哮喘等也可能影响儿童的生长发育。例如，慢性肾病患者由于肾功能受损，会影响体内激素的代谢和营养物质的排泄，导致生长激素抵抗等情况，从而引起矮小症；先天性心脏病患儿由于心脏功能不全，影响身体的血液循环和营养供应，也会阻碍生长发育。这些慢性疾病对生长发育的影响是多方面的，不仅涉及营养物质的供应，还包括内分泌和代谢等多个系统的功能紊乱。
心理因素：长期的精神压抑、焦虑、家庭环境不良等心理因素也可能对儿童的生长发育产生影响。例如，孤儿院或家庭关系紧张的儿童可能会出现生长激素分泌减少等情况，导致生长缓慢，引发矮小症。心理因素通过神经内分泌系统影响生长激素等相关激素的分泌，从而干扰正常的生长发育过程。
