慢性肠炎治疗需根据病因选药，常用药物为抗感染药物、肠道益生菌、肠黏膜保护剂、止泻药物。
1.抗感染药物
若慢性肠炎是由细菌感染引起，可根据病情选用相应抗生素，如阿奇霉素，但需注意18岁以下青少年禁用，因为可能影响软骨发育。对于成年患者，在医生评估后可谨慎使用。
2.肠道益生菌
肠道菌群失调是慢性肠炎常见因素，可使用益生菌制剂，如双歧杆菌等。益生菌能调节肠道菌群平衡，改善肠道功能，对于各年龄段患者（需根据具体制剂的儿童用药说明调整）都有一定帮助，能缓解腹泻、腹胀等症状，且相对安全，通过补充有益菌群来恢复肠道正常微生态环境。
3.肠黏膜保护剂
如蒙脱石散，它可以覆盖在肠黏膜表面，吸附病原体和毒素，起到保护肠黏膜、止泻的作用。适用于各年龄段患者，儿童可按合适剂量服用，成人也可使用，能在慢性肠炎治疗中帮助修复受损肠黏膜，减轻炎症刺激引起的不适。
4.止泻药物
若慢性肠炎患者腹泻症状严重，可使用洛哌丁胺等止泻药，但对于儿童等特殊人群需谨慎，儿童使用可能存在一定风险，应在医生指导下根据年龄等情况合理选用，主要是缓解过度腹泻带来的身体不适，防止脱水等情况发生，但不能盲目长期使用，需针对病因治疗为主。
