男性精子浓度低由多种因素导致，如遗传因素、下丘脑-垂体功能异常、甲状腺功能异常、附睾炎、前列腺炎等。
1.遗传因素
某些遗传疾病可能导致精子浓度低，例如克氏综合征，患者染色体核型为47，XXY，其睾丸生精功能会受到显著影响，导致精子生成障碍，进而出现精子浓度低的情况。这种遗传因素导致的精子浓度低往往具有先天性特点，在青春期前可能不易被察觉，到青春期后会逐渐显现出生殖系统发育异常等表现。
2.下丘脑-垂体功能异常
下丘脑分泌促性腺激素释放激素（GnRH），垂体分泌促卵泡生成素（FSH）和促黄体生成素（LH），这三者共同调节睾丸的生精功能和雄激素分泌。当下丘脑或垂体出现病变时，如垂体瘤等，会导致FSH和LH分泌不足，进而影响睾丸生精，使精子浓度降低。例如垂体瘤压迫垂体，影响了FSH和LH的正常分泌，就会干扰睾丸内精原细胞的分化和精子的生成过程。
3.甲状腺功能异常
甲状腺激素对生殖系统的正常功能有重要影响。甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌减少，会通过影响下丘脑-垂体-睾丸轴的功能，导致精子生成减少，精子浓度降低。研究表明，甲状腺功能减退患者中精子浓度低的发生率相对较高，其机制可能与甲状腺激素缺乏影响了生殖相关激素的平衡有关。
4.附睾炎
附睾是精子成熟和储存的场所，附睾炎会引起附睾组织的炎症反应，导致附睾管堵塞，影响精子的运输和成熟，进而使精子浓度降低。例如大肠杆菌等细菌感染引起的附睾炎，炎症会破坏附睾内的微环境，影响精子的正常生成和储存，长期的附睾炎还可能导致睾丸生精功能受到间接影响。
5.前列腺炎
前列腺液是精液的重要组成部分，前列腺炎时，前列腺液的成分和理化性质发生改变，会影响精子的存活和活动力，同时也可能影响精子的生成微环境，导致精子浓度降低。慢性前列腺炎患者中，不少存在精子浓度低的情况，炎症因子等物质会干扰睾丸的生精功能以及精液的质量。
此外，精索静脉曲张是导致男性精子浓度低的常见原因之一。精索静脉曲张时，阴囊内温度升高，影响睾丸的生精功能。高温环境会使睾丸组织内氧自由基增多，损伤生精细胞，同时影响睾丸的内分泌功能，导致雄激素分泌减少，进一步影响精子的生成，从而使精子浓度降低。
