甲型H1N1流感与普通感冒在病原体、临床表现、流行病学、诊断、治疗、预防方面存在差异。甲型H1N1流感由甲型H1N1流感病毒引起，症状重、病程长，传染源主要是患者及感染猪，经飞沫等传播，人群普遍易感，靠实验室检查确诊，早期用抗流感病毒药，可接种疫苗预防；普通感冒由多种病毒引起，症状轻、病程短，传染源是患者及隐性感染者，经飞沫等传播，多见于免疫力正常人群，靠临床表现诊断，对症治疗为主，靠增强体质等预防。
临床表现方面
症状表现程度：甲型H1N1流感症状相对较重，起病急，多表现为突发高热，体温可迅速升至39℃甚至更高，常伴有全身症状，如头痛、全身酸痛、乏力等，呼吸道症状相对较轻，部分患者可出现咳嗽、咽痛、流涕等，但也有患者呼吸道症状较为明显。普通感冒一般起病较缓，主要以呼吸道局部症状为主，如鼻塞、流涕、打喷嚏等，全身症状相对较轻，一般不出现高热或仅有低热，体温多在38℃以下，全身酸痛、头痛、乏力等症状较轻。
病程时长：甲型H1N1流感病程相对较长，一般发热持续3-5天左右，全身症状完全缓解可能需要1-2周。普通感冒病程较短，通常5-7天可自愈，呼吸道症状逐渐减轻直至消失。
流行病学方面
传染源：甲型H1N1流感患者是主要传染源，感染甲型H1N1流感病毒的猪也可能传播病毒。普通感冒患者及隐性感染者是传染源，隐性感染者指感染了病毒但没有明显临床症状的人，其可在人群中传播病毒。
传播途径：甲型H1N1流感主要通过飞沫经呼吸道传播，也可通过接触被病毒污染的物品后触摸口鼻等途径传播。普通感冒主要通过含有病毒的飞沫在空气中传播，或通过被污染的手接触口、鼻、眼等黏膜而传播。
易感人群：甲型H1N1流感人群普遍易感，尤其是儿童、老年人、孕妇、患有慢性基础疾病等免疫力较低的人群感染后病情相对较重。普通感冒多见于免疫力相对正常的人群，任何年龄均可发病，但儿童由于免疫系统发育尚不完善等因素，相对更容易患普通感冒，但一般病情不如甲型H1N1流感重。
诊断方法方面
甲型H1N1流感：主要通过流感病毒核酸检测、流感病毒抗原检测等实验室检查来确诊。例如实时荧光RT-PCR法检测呼吸道标本中的甲型H1N1流感病毒核酸，若结果为阳性可确诊。
普通感冒：主要根据临床表现进行诊断，一般根据患者有鼻塞、流涕等典型呼吸道局部症状，全身症状较轻，结合发病季节等情况综合判断，但为了与其他特殊类型感冒鉴别，有时也会进行病毒学检查，但一般普通感冒的病毒学检查多为阴性或检测出的病毒不具有致病性或引起普通感冒的常见病毒。
治疗方面
甲型H1N1流感：对于确诊的甲型H1N1流感患者，在发病早期（通常建议在发病48小时内）可使用抗流感病毒药物进行治疗，如奥司他韦等抗病毒药物，但使用药物需严格遵循医生指导，尤其对于儿童等特殊人群，要根据其年龄、体重等情况合理考虑是否使用及使用剂量等。
普通感冒：普通感冒一般以对症治疗为主，如患者有鼻塞可使用减轻鼻充血的药物，有咳嗽可使用止咳药物等，一般不需要使用抗病毒药物，主要依靠自身免疫力恢复，同时要注意休息、多饮水等一般支持治疗。
预防方面
甲型H1N1流感：可通过接种甲型H1N1流感疫苗进行预防，同时要注意个人卫生，如勤洗手、避免去人群密集场所等，在流感流行季节尽量佩戴口罩。对于免疫力较低的特殊人群，如儿童、老年人等，更要加强防护。
普通感冒：平时要注意增强体质，如通过合理饮食、适量运动等方式提高自身免疫力，在季节变化时注意增减衣物，避免接触感冒患者等，也可通过注意个人卫生等方式降低感染普通感冒病毒的风险。
