闭经按病因可分为下丘脑性闭经（由精神应激、体重下降和神经性厌食、运动性闭经、药物性闭经、颅咽管瘤等引起）、垂体性闭经（由垂体梗死、垂体肿瘤、空蝶鞍综合征等引起）、卵巢性闭经（由卵巢早衰、卵巢功能性肿瘤、多囊卵巢综合征等引起）、子宫性闭经（由Asherman综合征、子宫内膜炎、子宫切除后或宫腔放射治疗后等引起）及其他内分泌功能异常（由甲状腺功能减退、肾上腺功能亢进等引起）。
精神应激：突然或长期的精神压抑、紧张、忧虑、环境改变、过度劳累、情感变化、寒冷等，可通过下丘脑影响垂体，进而影响卵巢，导致闭经。例如长期处于高强度工作压力下的女性，可能出现下丘脑-垂体-卵巢轴功能紊乱，引发闭经。
体重下降和神经性厌食：过度节食、体重急剧下降可引起下丘脑功能紊乱导致闭经。当机体体重下降到正常体重的85%以下时，可出现下丘脑性闭经。神经性厌食患者，由于内在情感的剧烈矛盾或为保持体型而强迫节食，也易发生闭经。
运动性闭经：长期剧烈运动如长跑等，可使机体能量消耗过多，脂肪显著减少，影响下丘脑GnRH的分泌，从而导致闭经。运动员中较为常见，尤其是女性耐力运动员。
药物性闭经：长期应用某些药物可引起闭经，如吩噻嗪及其衍生物（氯丙嗪）、利血平等，其机制是药物抑制下丘脑分泌GnRH或通过抑制垂体分泌促性腺激素，从而引起闭经。一般在停药后月经可逐渐恢复。
颅咽管瘤：肿瘤增大压迫下丘脑和垂体柄时，可引起闭经、生殖器官萎缩、肥胖、颅内压增高、视力障碍等症状，称为Frohlich综合征。
垂体性闭经
垂体梗死：常见的为Sheehan综合征，多由于产后大出血休克，导致垂体尤其是腺垂体促性腺激素分泌细胞缺血坏死，引起腺垂体功能低下而出现一系列症状，包括闭经、无乳、性欲减退、毛发脱落等，严重者可出现畏寒、嗜睡、低血压等症状。
垂体肿瘤：垂体催乳素瘤是最常见的垂体肿瘤，可分泌过多的催乳素，抑制下丘脑GnRH的分泌，导致闭经、溢乳、不孕等。其他垂体肿瘤如生长激素瘤、促甲状腺激素瘤等也可能影响垂体功能，导致闭经。
空蝶鞍综合征：因鞍隔缺损或垂体萎缩，蛛网膜下腔在脑脊液压力冲击下突入鞍内，使垂体受压而引起内分泌功能紊乱，出现闭经、头痛等症状，部分患者可伴有视力障碍。
卵巢性闭经
卵巢早衰：女性40岁前由于卵巢内卵泡耗竭或被破坏，或因手术切除卵巢等，导致卵巢功能衰竭，出现闭经、潮热多汗、生殖道干涩、性欲减退等绝经症状，常伴有促性腺激素升高，雌激素水平降低。
卵巢功能性肿瘤：如睾丸母细胞瘤、卵巢门细胞瘤等，可分泌雄激素，抑制下丘脑-垂体-卵巢轴功能，导致闭经。
多囊卵巢综合征：以雄激素过高的临床或生化表现、持续无排卵、卵巢多囊改变为特征，常伴有胰岛素抵抗和肥胖。患者表现为月经稀发或闭经、多毛、痤疮、肥胖等，超声检查可见卵巢多囊样改变。
子宫性闭经
Asherman综合征：是子宫性闭经最常见的原因，多因人工流产刮宫过度或产后、流产后出血刮宫损伤子宫内膜，导致宫腔粘连而闭经。患者可伴有周期性腹痛。
子宫内膜炎：结核性子宫内膜炎是最常见的特异性子宫内膜炎，结核杆菌破坏子宫内膜，形成瘢痕组织，导致闭经。其他病原体感染引起的子宫内膜炎，严重时也可导致子宫内膜破坏，引起闭经。
子宫切除后或宫腔放射治疗后：手术切除子宫或宫腔内放射治疗后，破坏子宫内膜，可导致闭经。
其他内分泌功能异常
甲状腺功能减退：甲状腺功能减退时，甲状腺素分泌不足，可影响下丘脑-垂体-卵巢轴的功能，导致闭经，同时可伴有畏寒、乏力、黏液性水肿等表现。
肾上腺功能亢进：肾上腺分泌过多的雄激素，可抑制下丘脑-垂体-卵巢轴功能，导致闭经，同时可出现多毛、痤疮、肥胖等男性化表现。
