卵巢囊肿的形成有多种因素，包括生理性因素如卵泡囊肿、黄体囊肿；病理性因素如子宫内膜异位囊肿（巧克力囊肿）、炎症性囊肿（输卵管卵巢脓肿、卵巢冠囊肿）、肿瘤性囊肿（卵巢上皮性肿瘤、生殖细胞肿瘤）；还有其他因素如内分泌因素（激素水平异常、高压力状态影响激素轴）和环境因素（接触环境污染物影响卵巢功能）。
一、生理性因素
（一）卵泡囊肿
正常情况下，卵巢排卵后会形成黄体，若黄体持续存在且不断增大，就可能形成卵泡囊肿。女性每个月经周期都会有卵泡发育、排卵的过程，一般卵泡发育到一定阶段会正常排卵，若出现异常情况就可能导致卵泡囊肿形成，这种情况在有正常月经周期的女性中较为常见，各年龄段有月经的女性都可能发生。
（二）黄体囊肿
在月经周期中，排卵后形成黄体，正常黄体直径一般不超过2-3厘米，若黄体因某些原因持续增大，直径超过3厘米甚至更大时，就形成黄体囊肿。比如月经周期不规律的女性，黄体形成及退化过程可能受影响，更容易出现黄体囊肿。
二、病理性因素
（一）子宫内膜异位囊肿（巧克力囊肿）
1.发病机制
子宫内膜组织出现在卵巢部位，随着月经周期反复出血，形成囊肿，囊内含有类似巧克力样的陈旧血性液体。子宫内膜异位症的发生与经血逆流等因素有关，有过宫腔操作史（如人工流产等）、有家族遗传倾向的女性患子宫内膜异位囊肿的风险相对较高，各年龄段有过月经初潮的女性都可能患病，尤其是生育年龄女性较为常见。
2.相关影响因素
家族中有子宫内膜异位症患者的女性，遗传因素可能增加其发病几率；经期进行剧烈运动、性生活等可能促使经血逆流，增加子宫内膜异位到卵巢的风险。
（二）炎症性囊肿
1.输卵管卵巢脓肿
盆腔炎症累及卵巢，炎症导致输卵管与卵巢粘连形成脓肿。比如女性有不洁性生活史、多次宫腔操作后未注意卫生等情况，容易引发盆腔炎症，进而可能形成输卵管卵巢脓肿。性活跃的生育年龄女性是高发人群，因为此阶段女性生殖系统相对活跃，且若不注意卫生等容易感染病原体。
2.卵巢冠囊肿
是位于卵巢冠部位的囊性肿物，多与炎症有关，炎症导致局部导管阻塞，分泌物潴留形成囊肿。各年龄段女性都可能发生，但一般与局部炎症刺激相关，有盆腔炎症病史的女性更易出现。
（三）肿瘤性囊肿
1.卵巢上皮性肿瘤
包括浆液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤等良性肿瘤以及交界性肿瘤和恶性肿瘤。其发生可能与遗传因素、长期的炎症刺激等有关。有卵巢肿瘤家族史的女性，患卵巢上皮性肿瘤性囊肿的风险增加；长期慢性盆腔炎症刺激也可能促使卵巢上皮细胞发生异常增生形成肿瘤性囊肿，各年龄段女性均可发病，随着年龄增长，发病风险可能有一定变化趋势。
2.生殖细胞肿瘤
好发于年轻女性，尤其是儿童和青少年，比如成熟畸胎瘤等。其具体发病机制尚不完全明确，但可能与生殖细胞异常分化等因素有关，这类肿瘤多为良性，但也有少数为恶性，发病与生殖细胞的发育异常等因素相关。
三、其他因素
（一）内分泌因素
体内激素水平的异常变化可能影响卵巢的正常功能，从而导致囊肿形成。比如长期服用某些激素类药物，可能干扰体内正常的激素平衡，促使卵巢囊肿的发生。长期处于高压力状态下，可能影响下丘脑-垂体-卵巢轴的功能，导致激素分泌紊乱，增加卵巢囊肿的发病风险，这种情况在各年龄段女性中都可能因生活方式等因素出现，尤其是生活节奏快、压力大的现代女性更为常见。
（二）环境因素
长期接触某些环境污染物等可能对卵巢功能产生不良影响，增加卵巢囊肿的发生几率。例如长期处于含有某些化学物质污染的环境中，这些化学物质可能干扰体内激素代谢等过程，从而影响卵巢健康，导致囊肿形成，不同生活环境的女性都可能受到环境因素的影响，尤其是生活和工作环境存在污染隐患的人群。
