临床上并没有关于扁平疣的根治方法的详细说明，扁平疣的治疗方法通常包括等。
1、药物治疗
扁平疣的药物治疗以外用为主，常用维A酸乳膏调节表皮细胞分化、抑制疣体增生；咪喹莫特乳膏通过激活局部免疫反应清除病毒；5-氟尿嘧啶软膏干扰病毒DNA合成。口服转移因子胶囊、胸腺肽肠溶片等免疫调节剂可增强机体抗病毒能力，适用于多发或免疫力低下者。需严格遵医嘱用药。
2、物理治疗
液氮冷冻治疗通过低温使疣体坏死脱落，适用于数量较少的皮损，但需多次治疗；二氧化碳激光或脉冲染料激光可精准汽化疣体组织，创伤小、恢复快；电灼治疗利用高频电流破坏疣体，适合较大或顽固性疣体。
3、免疫治疗
针对反复发作或顽固性扁平疣，局部注射干扰素可增强抗病毒能力，抑制病毒复制；皮损内注射卡介苗多糖核酸通过调节细胞免疫功能降低复发率。
4、中医治疗
中医认为扁平疣属气血失和、外感毒邪，内服常用板蓝根颗粒、柴胡疏肝散等清热解毒、活血化瘀的中药；外用鸦胆子油、木贼草煎剂直接点涂疣体。火针疗法通过热力刺激疣体基底部促进消退，耳穴贴压选取肺、内分泌等穴位调节免疫。
5、手术治疗
对于基底较宽的疣体，可采用刮除术机械清除；怀疑恶变的较大皮损需手术切除并送病理检查。手术治疗创伤较大，可能遗留色素沉着或增生性瘢痕，瘢痕体质者慎用。
若疣体突然增大、出血、疼痛或颜色改变，需及时就医排除恶变可能，切勿自行处理延误病情。
