儿童发育迟缓受遗传、母体、出生后等多因素影响。遗传因素有染色体异常如21-三体综合征、单基因遗传病如苯丙酮尿症；母体因素包括妊娠期营养不良、妊娠合并症及接触有害物质；出生后因素涵盖早产或低出生体重、出生后疾病影响（如感染、中枢神经系统感染、慢性疾病、内分泌疾病）和早期养育环境不良（如缺乏刺激、营养不足、心理社会因素不利）。
单基因遗传病也可引发儿童发育迟缓，如苯丙酮尿症，是由于编码苯丙氨酸羟化酶的基因发生突变，导致患儿体内苯丙氨酸羟化酶缺乏，使得苯丙氨酸不能正常代谢，蓄积的苯丙氨酸及其代谢产物会对神经系统造成损害，影响儿童的智力发育和生长发育速度，患儿通常在出生后数月开始出现发育落后的表现，有家族遗传史的家庭需特别关注。
母体因素
妊娠期母体营养不良是常见原因之一，孕妇在孕期如果摄入的营养物质不足，如蛋白质、维生素、矿物质等缺乏，会影响胎儿的生长发育。例如，缺乏叶酸可能导致胎儿神经管发育畸形，同时也会影响胎儿整体的生长，使胎儿出生后出现发育迟缓的情况。孕妇如果患有妊娠合并症，如妊娠期高血压疾病，会影响胎盘的血液灌注，导致胎儿在宫内获得的营养和氧气供应不足，从而影响胎儿的生长发育，使胎儿出生体重低，出生后可能持续存在发育迟缓的问题。
孕期母体接触有害物质也会对胎儿发育产生不良影响，如孕妇接触放射线、化学毒物（如苯、甲醛等）、某些药物（如抗肿瘤药物、某些抗生素等），这些有害物质可能通过胎盘影响胎儿的细胞分裂、组织器官形成等过程，干扰胎儿正常的发育进程，导致儿童出生后出现发育迟缓现象，孕妇在孕期应尽量避免接触这类有害物质，以保障胎儿的正常发育。
出生后因素
早产或低出生体重：早产儿各器官系统发育尚未成熟，低出生体重儿身体储备的营养等相对不足，出生后容易出现各种并发症，如呼吸窘迫综合征、感染等，这些因素都会影响儿童的生长发育。早产儿出生后需要较长时间的特殊护理和喂养支持，若护理不当或喂养不足，很容易导致体重增长缓慢、神经发育落后等发育迟缓表现，低出生体重儿在婴幼儿期的生长速度通常比足月儿慢，需要密切监测其生长发育指标。
出生后疾病影响：新生儿期的严重感染，如败血症，病原体在体内释放毒素，可影响儿童的新陈代谢、营养吸收等，进而阻碍生长发育；中枢神经系统感染，如化脓性脑膜炎，炎症会损伤脑实质和神经系统，影响神经功能的正常发育，导致智力、运动等方面的发育迟缓；儿童时期患慢性疾病，如先天性心脏病导致长期缺氧，会影响身体的生长和代谢，使儿童身高、体重增长缓慢，同时心脏疾病引起的心功能不全也会影响全身的血液循环，进一步影响各器官的营养供应，阻碍发育；内分泌疾病，如甲状腺功能减退症，甲状腺激素分泌不足会严重影响儿童的生长发育和智力发育，患儿会出现身材矮小、智力低下、生长速度缓慢等典型的发育迟缓症状，需要及时诊断和治疗甲状腺功能减退，以避免对儿童发育造成严重影响。
早期养育环境不良：儿童早期生活在缺乏刺激的环境中，如家庭环境简陋、缺乏丰富的语言、玩具等刺激，会影响儿童的大脑发育和神经心理发育。长期缺乏良好的营养供应，如母乳喂养不足、人工喂养中配方奶调配不当或儿童挑食、偏食等导致营养摄入不均衡，会使儿童缺乏生长发育所需的蛋白质、能量、维生素等营养物质，从而出现生长迟缓、体重不增等情况。另外，家庭氛围不和谐、缺乏父母的关爱和互动等心理社会因素也可能对儿童的发育产生负面影响，导致儿童出现情感、认知等方面的发育迟缓表现。
