儿童小脑炎的病因包括感染因素（病毒如肠道病毒、疱疹病毒、腮腺炎病毒，细菌如肺炎链球菌、结核分枝杆菌，支原体）、自身免疫性因素（自身免疫介导炎症）以及其他因素（遗传因素、环境因素如毒素接触、疫苗接种相关）。
一、感染因素
（一）病毒感染
1.肠道病毒：肠道病毒是引发儿童小脑炎较为常见的病原体之一。例如柯萨奇病毒、埃可病毒等，可通过粪-口途径传播。儿童在日常生活中接触被污染的物品后，病毒经口进入体内，然后可通过血液循环到达中枢神经系统，侵犯小脑组织，引发炎症反应。研究表明，在肠道病毒流行季节，儿童感染肠道病毒后发生小脑炎的风险明显增加。
2.疱疹病毒：单纯疱疹病毒、水痘-带状疱疹病毒等也可能导致儿童小脑炎。比如水痘-带状疱疹病毒，儿童初次感染水痘-带状疱疹病毒时表现为水痘，在水痘痊愈后，病毒可潜伏在体内神经节内，当机体免疫力下降时，病毒可再次激活，侵犯中枢神经系统，累及小脑，引起炎症。有临床研究发现，部分有水痘病史的儿童在免疫力低下时出现小脑炎相关症状。
3.其他病毒：腮腺炎病毒也可引起儿童小脑炎，儿童感染腮腺炎病毒后，除了出现腮腺肿大等典型症状外，病毒可通过血行播散侵犯小脑，导致小脑炎症。
（二）细菌感染
1.肺炎链球菌：肺炎链球菌可通过呼吸道入侵人体，然后经血行传播至中枢神经系统。儿童由于免疫系统尚未完全发育成熟，相对更容易受到肺炎链球菌的侵袭。当肺炎链球菌侵犯小脑时，会引发炎症反应，导致小脑炎的发生。有相关研究统计了肺炎链球菌感染导致儿童中枢神经系统感染中累及小脑的病例情况。
2.结核分枝杆菌：结核分枝杆菌引起的结核性小脑炎相对较少见，但也是儿童小脑炎的病因之一。儿童感染结核分枝杆菌后，结核分枝杆菌可通过血行播散到达小脑，引起结核性炎症。在一些结核病高发地区，需警惕结核分枝杆菌导致儿童小脑炎的可能。
（三）支原体感染
肺炎支原体感染也可能与儿童小脑炎相关。肺炎支原体感染人体后，可产生多种免疫反应，这些免疫反应可能波及中枢神经系统，包括小脑。研究发现，部分肺炎支原体感染的儿童会出现神经系统并发症，其中就有小脑炎的表现，其发病机制可能与免疫复合物沉积等因素有关。
二、自身免疫性因素
（一）自身免疫介导的炎症
部分儿童小脑炎可能是自身免疫介导的。例如，在一些自身免疫性疾病相关的小脑炎中，儿童体内的免疫系统错误地将小脑组织当作外来异物进行攻击，从而引发炎症反应。这种自身免疫性的小脑炎可能与遗传易感性等因素有关，具有一定的个体差异，在有自身免疫性疾病家族史的儿童中可能相对更易发生。
三、其他因素
（一）遗传因素
某些遗传因素可能增加儿童患小脑炎的易感性。例如，一些先天性的遗传代谢性疾病可能影响儿童的神经系统发育，使儿童在面对感染等因素时更容易出现小脑炎症。但目前关于遗传因素在儿童小脑炎发病中的具体作用机制还在进一步研究中，不同的遗传突变可能通过不同的途径影响小脑的正常结构和功能，从而增加患病风险。
（二）环境因素
1.毒素接触：儿童如果接触某些环境毒素，如重金属（铅、汞等），可能对中枢神经系统造成损害，增加小脑炎的发生风险。例如，长期生活在受重金属污染环境中的儿童，其体内重金属蓄积可能影响神经系统的正常代谢和功能，导致小脑炎症等病变。
2.疫苗接种相关：虽然大多数疫苗是安全有效的，但极少数儿童在接种某些疫苗后可能出现神经系统并发症，其中包括小脑炎。不过这种情况非常罕见，疫苗接种后引发小脑炎的机制尚不完全明确，可能与个体的特殊免疫反应有关。
