同房时疼痛的原因包括生理性因素和病理性因素及其他因素，生理性因素有处女膜破裂（首次同房常见且疼痛轻、出血少）和润滑不足（性唤起不充分、绝经后雌激素下降易致）；病理性因素有阴道炎（细菌性、霉菌性、滴虫性分别有不同表现及诱因）、宫颈炎（宫颈炎症致接触痛等及诱因）、子宫内膜异位症（异位内膜影响致痛及伴发症状）、盆腔炎（盆腔器官炎症致下腹痛等及诱因）；其他因素有心理因素（紧张焦虑等致阴道肌肉紧张疼痛）和姿势不当（不恰当姿势致过度刺激摩擦疼痛）。
一、生理性因素
（一）处女膜破裂
对于首次同房的女性，处女膜破裂是常见原因。处女膜是位于阴道口的一层较薄黏膜组织，首次性交时，处女膜会破裂，从而引起疼痛，这种疼痛通常较为轻微，且出血量一般较少，多可在短时间内缓解。不同女性处女膜的厚薄、弹性等存在差异，所以疼痛程度和持续时间也会有所不同。
（二）润滑不足
性生活时，若性唤起不充分，女性阴道分泌的润滑液不足，会导致阴道干涩，在阴茎进入过程中就容易产生摩擦疼痛。这种情况在女性性欲较低、前戏不充分时较为常见。年龄因素也可能有影响，例如绝经后的女性，由于体内雌激素水平下降，阴道黏膜变薄、弹性降低，本身阴道分泌物就少，更容易出现润滑不足的情况，同房时进去会痛的概率增加。
二、病理性因素
（一）阴道炎
1.细菌性阴道炎：阴道内正常菌群失调，乳杆菌减少，加德纳菌等厌氧菌增多。炎症会使阴道黏膜充血、水肿，同房时阴茎刺激炎症部位就会引起疼痛，同时还可能伴有阴道分泌物增多、有鱼腥味等症状。这种情况在有多个性伴侣、不注意个人卫生等生活方式影响下更容易发生。
2.霉菌性阴道炎：由假丝酵母菌感染引起，阴道黏膜会出现充血、糜烂，白带呈豆腐渣样。同房时阴茎进入摩擦病变部位会导致疼痛，患者还常伴有外阴瘙痒剧烈等表现。长期使用广谱抗生素、怀孕、糖尿病患者由于体内环境改变，容易诱发霉菌性阴道炎。
3.滴虫性阴道炎：阴道毛滴虫感染所致，阴道黏膜有散在出血点，宫颈可能出现草莓样改变。同房时阴茎进入会刺激阴道及宫颈病变部位引起疼痛，同时伴有阴道分泌物增多、呈泡沫状、有异味等症状，性伴侣也可能被感染，通过性生活传播。
（二）宫颈炎
宫颈部位存在炎症时，宫颈组织充血、水肿，质地变得较脆弱，同房时阴茎接触宫颈会引起疼痛，还可能出现白带增多、接触性出血等症状。性生活过于频繁、不注意性生活卫生、多次人工流产等都可能引发宫颈炎。
（三）子宫内膜异位症
子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位，当异位的内膜组织出现在盆腔等部位影响到同房时，阴茎进入可能刺激相关部位引起疼痛。这种疾病多见于生育年龄的女性，患者还可能伴有痛经进行性加重、月经异常等表现，其发病机制与子宫内膜种植、免疫等因素有关。
（四）盆腔炎
女性盆腔内器官如子宫、输卵管、卵巢等发生炎症，盆腔组织充血、水肿，在同房时，由于阴茎的刺激和盆腔器官的移动，会引起下腹部疼痛，还可能伴有发热、阴道分泌物增多等症状。性生活活跃的女性、有宫腔操作史（如刮宫、输卵管通液等）的女性更容易患上盆腔炎。
三、其他因素
（一）心理因素
紧张、焦虑、恐惧等不良心理状态可能导致女性在同房时阴道肌肉过度紧张，从而引起阴茎进入困难和疼痛。例如首次同房时因对性知识的不了解而产生紧张情绪，就可能出现这种情况。不同性格特点的女性，心理因素对同房疼痛的影响程度有所不同，性格较为敏感、易紧张的女性可能更易受心理因素干扰。
（二）姿势不当
同房时采用不恰当的姿势，可能会使阴茎对阴道、宫颈等部位产生过度的刺激或不当的摩擦，从而引起疼痛。比如姿势过于粗暴、角度不合适等，不同体型、身体状况的人适合的同房姿势不同，若选择不适合自己的姿势就容易导致疼痛。
