儿童脑萎缩在运动功能方面可致运动发育迟缓，因脑萎缩影响大脑对肌肉运动的调控；智力与认知方面表现为智力低下及注意力、记忆力、思维能力等认知障碍，因脑萎缩破坏相关神经结构和功能区域；语言功能方面有语言发育迟缓等障碍，因大脑语言中枢区域受影响；部分会出现癫痫发作，因脑萎缩致大脑皮质神经元异常放电；头部表现有头颅形态异常及婴幼儿前囟异常等，因脑萎缩使脑组织体积缩小及颅内环境变化等。
一、运动功能方面
儿童脑萎缩可能导致运动功能异常。例如运动发育迟缓，相较于正常儿童，在抬头、坐立、爬行、行走等大运动发育阶段明显落后。这是因为脑萎缩影响了大脑对肌肉运动的调控功能，大脑是控制运动指令发出和协调的关键部位，脑萎缩使得神经传导和指令协调出现障碍，从而导致运动能力发展滞后。对于有早产、缺氧缺血性脑病等病史的儿童，更易出现这种运动功能异常的情况，因为这类病史本身就增加了脑损伤进而引发脑萎缩的风险，影响运动系统的正常发育。
二、智力与认知方面
1.智力低下：患儿智力水平低于同龄正常儿童，表现为对周围事物的认知理解能力差，比如不能正确识别常见物品、人物等。这是由于脑萎缩影响了大脑的神经细胞功能，大脑是智力和认知活动的主要器官，脑萎缩导致神经细胞受损、功能失调，进而影响智力发育。有家族遗传脑萎缩病史的儿童，在智力方面出现问题的概率相对更高，因为遗传因素增加了脑萎缩发生的可能性，从而影响智力发育进程。
2.认知障碍：在注意力、记忆力、思维能力等方面存在障碍。注意力难以集中，记忆力减退，对于学习过的知识不能很好地保持和回忆，思维的逻辑性和灵活性也较差。这是因为脑萎缩破坏了大脑中与认知相关的神经结构和功能区域，使得认知相关的神经传导和信息处理出现紊乱，进而导致认知功能异常。比如患有先天性脑发育异常同时合并脑萎缩的儿童，认知障碍会更为明显，先天性脑发育异常本身就存在脑结构和功能的基础异常，加上脑萎缩的影响，进一步加重了认知方面的问题。
三、语言功能方面
儿童脑萎缩可能出现语言功能障碍。表现为语言发育迟缓，开始说话的时间比正常儿童晚，spokenlanguage（口语）表达能力差，词汇量少，语句不完整、不流畅，或者存在发音不清等情况。这是因为大脑中负责语言中枢的区域受到脑萎缩的影响，语言中枢的神经细胞受损，导致语言的产生、理解和表达出现障碍。有新生儿高胆红素血症病史的儿童，也可能并发脑萎缩并出现语言功能障碍，因为高胆红素血症可能损伤神经细胞，增加脑萎缩发生风险，进而影响语言功能发育。
四、癫痫发作方面
部分脑萎缩儿童可能出现癫痫发作。患儿会出现突然的抽搐、意识丧失等症状。这是因为脑萎缩导致大脑皮质神经元异常放电，脑萎缩使得大脑的神经细胞和神经结构发生改变，破坏了大脑的电生理平衡，从而引发癫痫发作。对于有脑外伤病史后出现脑萎缩的儿童，发生癫痫的可能性相对较高，脑外伤造成的脑损伤基础上出现脑萎缩，进一步改变了大脑的电活动环境，容易诱发癫痫。
五、头部表现方面
1.头颅形态异常：可能出现头颅增大或头颅形态异常改变，如头围超过正常同龄儿童范围，或者头颅形状不规则等。这是由于脑萎缩导致脑组织体积缩小，颅骨与缩小的脑组织之间的空间关系发生变化，从而引起头颅形态的改变。有先天性脑积水未得到有效治疗后续出现脑萎缩的儿童，头颅形态异常更为常见，因为先天性脑积水本身就影响脑的正常发育和结构，进而导致脑萎缩和头颅形态异常。
2.前囟异常：如果是婴幼儿脑萎缩，可能出现前囟饱满、紧张等异常情况。因为婴幼儿的颅骨骨缝未完全闭合，脑萎缩导致颅内压力变化等因素影响前囟的状态。对于有感染性脑炎病史后发展为脑萎缩的婴幼儿，前囟异常的表现可能更为突出，感染性脑炎引发的脑损伤可能导致颅内环境改变，进而影响前囟的情况。
