卵巢发育不良受遗传、自身免疫、环境、内分泌及其他等多因素影响。遗传因素包括染色体异常和单基因遗传疾病；自身免疫因素有自身免疫性卵巢炎；环境因素涉及辐射暴露和化学物质接触；内分泌因素包含促性腺激素缺乏和雌激素与雄激素失衡；其他因素有感染因素和营养因素。
单基因遗传疾病：某些单基因的遗传突变也可能影响卵巢发育相关基因的功能，从而导致卵巢发育不良。例如，与卵巢发育相关的特定基因发生突变，会干扰卵巢细胞的正常分化、增殖等过程，使得卵巢不能正常发育为具有正常生殖功能的器官。这类遗传因素导致的卵巢发育不良往往有家族遗传倾向，通过家族系谱分析可以发现相关的遗传模式。
自身免疫因素
自身免疫性卵巢炎：机体的免疫系统错误地攻击自身的卵巢组织，引发自身免疫性卵巢炎。例如，体内产生了针对卵巢组织抗原的自身抗体，这些抗体与卵巢组织结合，导致卵巢组织受到损伤，影响卵巢的正常结构和功能。自身免疫因素导致的卵巢发育不良可能与其他自身免疫性疾病同时存在，如自身免疫性甲状腺疾病等。患者可能会出现卵巢功能逐渐减退的情况，初期可能表现为月经紊乱，随着病情进展可发展为卵巢发育不良相关的闭经等症状，这种自身免疫反应可能与遗传易感性以及环境因素等共同作用导致卵巢受损。
环境因素
辐射暴露：在胚胎期或幼年时期接受过大剂量的辐射照射，如腹部或盆腔部位的放疗等，辐射会损伤卵巢的原始生殖细胞和卵巢组织细胞，影响卵巢的正常发育。辐射可以导致细胞DNA损伤，干扰卵巢细胞的正常分裂和分化过程，使得卵巢不能正常发育为具有完整功能的器官。例如，因恶性肿瘤接受盆腔放疗的患者，可能会出现卵巢发育不良相关的生殖功能障碍，影响生育能力等。
化学物质接触：长期接触一些有毒有害的化学物质，如某些农药（如滴滴涕等）、工业化学毒物（如苯及其衍生物等）。这些化学物质可能通过影响卵巢细胞的代谢、基因表达等过程，干扰卵巢的正常发育。例如，化学物质可能干扰卵巢雌激素的合成相关途径，影响卵巢的内分泌功能和结构发育，进而导致卵巢发育不良。另外，长期使用某些有肾毒性或可能影响内分泌的药物，也可能间接对卵巢发育产生不良影响，但相对辐射和特定化学物质来说，其影响机制和程度可能相对复杂一些。
内分泌因素
促性腺激素缺乏：促性腺激素包括卵泡刺激素（FSH）和黄体生成素（LH），它们对卵巢的发育和功能维持起着重要作用。如果在胚胎发育过程中，垂体分泌促性腺激素的相关基因表达异常，或者在出生后促性腺激素分泌不足，都会影响卵巢的发育。例如，先天性促性腺激素缺乏症患者，由于体内FSH和LH水平低下，卵巢得不到足够的刺激，无法正常发育，表现为卵巢小、无卵泡发育等卵巢发育不良的表现，同时伴有第二性征不发育等症状。
雌激素和雄激素失衡：在卵巢发育过程中，雌激素和雄激素需要维持一定的平衡。如果雌激素合成障碍或者雄激素水平异常，都可能干扰卵巢的正常发育。例如，某些先天性肾上腺皮质增生症患者，由于肾上腺激素合成途径异常，导致雄激素水平升高，可能会影响卵巢的正常分化和发育。而雌激素缺乏也会影响生殖系统的正常发育，使得卵巢不能按照正常的生理进程发育成熟，出现卵巢发育不良的情况。
其他因素
感染因素：在胎儿期或婴幼儿期发生某些严重的感染，如风疹病毒感染等。风疹病毒可以通过胎盘感染胎儿，影响胎儿卵巢的发育，导致卵巢发育不良。风疹病毒感染后会在体内引起一系列免疫反应和病理改变，直接损伤卵巢组织细胞，干扰卵巢的正常发育过程，使得出生后的女性出现卵巢功能异常、月经不调等与卵巢发育不良相关的表现。
营养因素：在生长发育关键时期，如胎儿期、婴幼儿期和青春期，如果营养不良，特别是缺乏蛋白质、维生素（如维生素A、E等）、矿物质（如锌、硒等）等营养素，会影响卵巢的正常发育。例如，维生素A缺乏会影响生殖系统的发育，包括卵巢的发育；锌元素是很多与卵巢功能相关酶的组成成分，缺乏锌会影响卵巢细胞的代谢和功能，从而导致卵巢发育不良。胎儿期母亲营养不良也可能通过胎盘影响胎儿卵巢的发育，婴幼儿期和青春期自身营养不良则会影响身体整体的生长发育，包括生殖系统的卵巢发育。
