多次生化妊娠可能由多种因素引起，包括染色体异常（夫妻双方染色体数目或结构异常、女性年龄大卵子质量及男性年龄大精子质量影响染色体异常概率）、内分泌因素（黄体功能不全、甲状腺功能异常、高泌乳素血症影响胚胎着床发育）、子宫因素（子宫解剖结构异常如畸形、粘连及子宫内膜病变影响着床环境）、免疫因素（自身免疫异常如抗磷脂抗体综合征、同种免疫异常致免疫耐受失衡）、生活方式因素（吸烟饮酒、过度肥胖或消瘦影响卵子精子质量及内分泌等）、感染因素（生殖道感染引起炎症干扰胚胎发育）。
年龄影响：女性年龄越大，卵子质量下降，染色体异常的概率增加。一般35岁以上的女性染色体异常风险明显高于年轻女性，这也是该年龄段多次生化妊娠风险相对较高的重要原因之一。男性随着年龄增长，精子质量也会下降，染色体异常的精子比例可能升高，同样会增加生化妊娠的发生几率。
内分泌因素
黄体功能不全：黄体分泌的孕酮对于维持子宫内膜容受性和早期胚胎着床至关重要。如果黄体功能不全，孕酮分泌不足，子宫内膜不能很好地转化，就不利于胚胎着床，容易导致生化妊娠。有研究表明，约30%-40%的生化妊娠与黄体功能不全有关，多次生化妊娠的女性中黄体功能不全的发生率相对更高。
甲状腺功能异常：甲状腺激素参与机体的新陈代谢和生殖内分泌调节。甲状腺功能减退时，机体内分泌环境紊乱，会影响胚胎的着床和发育；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也会干扰生殖系统的正常功能，增加多次生化妊娠的风险。例如，临床研究发现甲状腺功能减退患者的多次生化妊娠发生率较正常人群显著升高。
高泌乳素血症：血清泌乳素水平过高会抑制下丘脑-垂体-卵巢轴的功能，影响排卵和子宫内膜的容受性，从而导致生化妊娠反复发生。一些垂体微腺瘤患者可能出现高泌乳素血症，进而增加多次生化妊娠的可能性。
子宫因素
子宫解剖结构异常
子宫畸形：如纵隔子宫、单角子宫等。纵隔子宫会影响宫腔的正常形态和容积，使胚胎着床的环境不佳；单角子宫由于宫腔容积相对较小，也不利于胚胎的生长发育，容易引发多次生化妊娠。例如，纵隔子宫患者的妊娠丢失率明显高于正常子宫人群。
宫腔粘连：宫腔粘连会破坏子宫内膜的完整性和容受性，导致子宫内膜薄，不利于胚胎着床。多次宫腔操作史（如人工流产、清宫术等）是引起宫腔粘连的常见原因，这类患者多次生化妊娠的风险较高。
子宫内膜病变：子宫内膜炎、子宫内膜息肉等病变会影响子宫内膜的容受性。子宫内膜炎会导致局部炎症因子增多，破坏子宫内膜的微环境；子宫内膜息肉会占据宫腔内的空间，干扰胚胎的着床，从而增加多次生化妊娠的几率。
免疫因素
自身免疫异常：抗磷脂抗体综合征是常见的自身免疫性疾病，体内存在的抗心磷脂抗体、狼疮抗凝物等会影响胎盘的血管形成，导致胎盘血流灌注不足，胚胎得不到足够的营养供应而发生生化妊娠。研究显示，抗磷脂抗体阳性的女性多次生化妊娠的发生率显著高于抗体阴性人群。
同种免疫异常：母体对胚胎的免疫耐受失衡也可能导致多次生化妊娠。正常妊娠时，母体免疫系统对胚胎产生的抗原应处于耐受状态，但如果这种耐受机制出现问题，母体免疫系统攻击胚胎，就会导致胚胎着床失败，引发生化妊娠反复发生。
生活方式因素
吸烟饮酒：女性吸烟会影响卵子的质量和输卵管的功能，增加染色体异常的风险，同时还会导致血管收缩，影响子宫胎盘的血流灌注。男性吸烟饮酒会降低精子的质量和活力，增加精子染色体异常的概率。有研究表明，长期吸烟饮酒的夫妇多次生化妊娠的发生率明显高于不吸烟饮酒的夫妇。
过度肥胖或消瘦：肥胖会导致体内内分泌紊乱，胰岛素抵抗等问题，影响黄体功能和子宫内膜容受性；消瘦则可能意味着营养摄入不足，机体处于低雌激素状态，同样不利于胚胎着床。例如，体重指数（BMI）过高或过低的女性多次生化妊娠的风险均有所升高。
感染因素
生殖道感染：支原体、衣原体、细菌、病毒等感染生殖道后，会引起炎症反应，影响子宫内膜的环境和胚胎的着床。例如，解脲支原体感染可能导致子宫内膜炎，干扰胚胎的正常发育，从而增加多次生化妊娠的发生风险。孕妇在孕期感染风疹病毒等也可能影响早期胚胎发育，导致生化妊娠反复出现。
