非淋菌性尿道炎与尿路感染在病原体、发病部位、临床表现、诊断方法和治疗方面存在差异。非淋菌性尿道炎主要病原体为沙眼衣原体等，发病在尿道黏膜，男性有尿道刺痒等表现，诊断靠病史和实验室检测，用针对衣原体等的抗生素治疗且性伴同治；尿路感染最常见病原体是大肠埃希菌，分上下尿路，下尿路有膀胱刺激征，上尿路有全身症状，诊断靠尿液检查，下尿路用呋喃妥因等，上尿路静脉用抗生素，不同年龄和有基础病者治疗有别。
尿路感染：最常见的病原体是大肠埃希菌，约占尿路感染病原体的80%左右，尤其在女性，由于尿道短且靠近肛门，大肠埃希菌容易由肛门途径污染尿道而致病。其他病原体还包括肺炎克雷伯菌、变形杆菌等，在留置导尿管的患者或复杂性尿路感染患者中，可能会有其他病原体感染，如铜绿假单胞菌等。不同年龄阶段尿路感染的病原体也有一定差异，儿童尿路感染中，革兰阳性球菌如肠球菌等感染也并不少见。
发病部位方面
非淋菌性尿道炎：发病部位主要是尿道黏膜。炎症主要局限在尿道内，表现为尿道的炎症反应，如尿道黏膜充血、水肿、分泌物增多等。
尿路感染：可分为上尿路感染和下尿路感染。上尿路感染主要是肾盂肾炎，病变部位在肾盂、肾实质；下尿路感染包括膀胱炎和尿道炎，膀胱炎病变部位在膀胱黏膜，尿道炎可分为淋菌性尿道炎和非淋菌性尿道炎（前文已述非淋菌性尿道炎属于尿路感染中的非淋菌性尿道炎类型），下尿路感染病变主要在膀胱颈部和尿道。不同年龄的尿路感染患者，发病部位的表现可能有不同，例如儿童上尿路感染时，除了有发热等全身症状外，局部肾盂肾炎的表现可能通过尿液检查等发现，而婴幼儿由于解剖结构特点，更容易发生上尿路感染。
临床表现方面
非淋菌性尿道炎：男性患者多有尿道刺痒、灼痛，可伴有轻重不同的尿频、尿急、尿痛，部分患者尿道口有少量稀薄的浆液性分泌物，晨起时可发现尿道口有痂膜形成（糊口现象）。女性患者症状相对较轻，可表现为尿道不适、瘙痒，少数有尿频、尿痛，部分患者可无明显症状而成为携带者。不同性别和年龄的患者，临床表现的轻重程度可能不同，比如老年男性患者，由于身体机能下降，症状可能相对不典型，容易被忽视。
尿路感染：下尿路感染主要表现为膀胱刺激征，即尿频、尿急、尿痛，可伴有耻骨上膀胱区不适。上尿路感染除了有膀胱刺激征外，还常有发热、寒战、腰痛等全身症状，体温可高达38℃以上。儿童尿路感染时，全身症状较为突出，如发热、哭闹不安、拒食等，局部尿路刺激症状可能不典型。
诊断方法方面
非淋菌性尿道炎：首先要详细询问病史，包括性接触史等。实验室检查方面，可进行尿道分泌物涂片检查，多形核白细胞内找到革兰阴性双球菌的情况较少（与淋菌性尿道炎鉴别），通常采用沙眼衣原体和解脲支原体的核酸检测或培养等方法。例如采用核酸扩增技术检测尿道标本中的沙眼衣原体或解脲支原体核酸，敏感性和特异性较高。不同检测方法在不同年龄和人群中的应用需要考虑其准确性和可行性，比如对于儿童患者，采集标本可能相对困难，需要选择合适的检测方法。
尿路感染：病史方面要注意有无尿路梗阻等基础疾病。实验室检查主要是尿液检查，包括尿常规、尿细菌培养等。尿常规中可见白细胞、红细胞等，尿细菌培养如果菌落计数≥10CFU/ml可确诊。对于儿童尿路感染，尿液标本的采集要注意无菌操作，可采用清洁中段尿采集等方法，尿细菌培养结果的判断要结合儿童的年龄等因素，因为儿童尿道短，容易污染，所以需要综合分析。
治疗方面
非淋菌性尿道炎：治疗主要选用针对沙眼衣原体和解脲支原体的抗生素，如阿奇霉素等大环内酯类抗生素。治疗时要注意性伴侣需同时治疗，避免交叉感染。不同年龄患者用药选择有差异，儿童患者由于器官发育尚未成熟，要谨慎选择抗生素，尽量选择对儿童相对安全的药物，且需要根据体重等计算合适的剂量。
尿路感染：下尿路感染可选用呋喃妥因等药物治疗，上尿路感染多需要静脉应用抗生素，如头孢曲松等。对于不同年龄的尿路感染患者，治疗方案不同，儿童患者要选择对肾脏毒性小的抗生素，并且要确保足够的疗程，以防止感染复发。同时，对于有基础疾病如糖尿病、尿路结石等的患者，在治疗尿路感染的同时，要积极治疗基础疾病，否则容易导致尿路感染反复发作。
