尿结石形成受代谢因素（尿液成分异常如钙、草酸等排出量增加、尿pH值改变）、局部因素（尿路感染致晶体沉积及尿素酶使尿液碱化、尿路梗阻致尿液潴留晶体沉积）、生活方式因素（饮食中高钙低钙、高草酸、高动物蛋白饮食及饮水不足致尿液浓缩）、其他因素（年龄与性别差异及遗传因素如胱氨酸尿症致尿中相关物质浓度升高易形成结石）影响。
尿液成分异常：尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质排出量增加是尿结石形成的重要原因。例如，高钙尿症可使尿中钙盐浓度升高，易形成含钙结石；高草酸尿症时，尿液中草酸含量增多，与钙结合形成草酸钙结石的风险增加。一般认为，正常成人24小时尿钙排泄量应小于0.1mmol/kg，若超过此值则属于高钙尿症。对于草酸，正常饮食情况下，成人24小时尿草酸排泄量约为15-60mg，当超过75mg时可视为高草酸尿。
尿pH值改变：不同成分的尿结石与尿pH值密切相关。尿酸结石和胱氨酸结石多见于酸性尿中，而磷酸钙、磷酸镁铵结石则易在碱性尿中形成。正常尿液的pH值通常在5.0-7.0之间，当尿pH值偏离这个范围时，就可能影响相应结石成分的溶解度，进而促进结石形成。比如，当尿pH值持续高于7.0时，磷酸钙等盐类的溶解度降低，容易析出形成结石。
局部因素
尿路感染：尿路感染时，细菌、脓块、坏死组织等可作为核心，促使尿中晶体沉积形成结石。同时，感染产生的尿素酶可分解尿液中的尿素，使尿液碱化，有利于磷酸镁铵及磷酸钙等结石的形成。例如，变形杆菌等能产生尿素酶的细菌感染，会显著增加感染性结石的发生风险。研究表明，约10%-15%的尿结石患者存在尿路感染的情况。
尿路梗阻：尿路梗阻会导致尿液潴留，使尿液中晶体和有机物质的浓度升高，容易沉积形成结石。而且梗阻部位以上的尿路扩张，尿液流动缓慢，进一步促进结石的形成。常见的引起尿路梗阻的原因有尿道狭窄、前列腺增生、肾盂输尿管连接部狭窄等。例如，前列腺增生的患者，由于尿道梗阻，尿液排出不畅，长期可导致膀胱结石的形成。据统计，尿路梗阻患者发生尿结石的概率比无梗阻者高得多。
生活方式因素
饮食因素
高钙饮食与低钙饮食：长期高钙饮食可能会在一定程度上影响钙的代谢，但并非直接导致尿结石的简单因素。而低钙饮食时，肠道对草酸盐的吸收增加，从而使尿中草酸盐排泄增多，增加尿结石形成风险。一般建议成人每天钙的摄入量应保持在800-1000mg，但如果本身存在代谢等问题，过度补钙可能反而不利。
高草酸饮食：大量摄入富含草酸的食物，如菠菜、苋菜、巧克力、浓茶等，会使尿中草酸含量升高。例如，每100克菠菜中草酸含量较高，长期大量食用可能增加草酸钙结石的发生几率。
高动物蛋白饮食：过多摄入动物蛋白，会使尿中尿酸、钙、磷排出增加，枸橼酸盐减少，从而促进尿结石形成。一般来说，成人每天蛋白质摄入量应控制在0.8-1.2g/kg体重，但如果长期高蛋白饮食，就可能增加尿结石风险。
饮水不足：饮水不足会导致尿液浓缩，尿液中晶体物质的浓度升高，容易析出形成结石。正常情况下，成人每天应保证尿量在2000ml以上，以维持尿液的稀释状态。如果饮水过少，尿量少于1000ml，就会使尿液中各种成分的浓度相对升高，增加尿结石形成的可能性。比如，在高温环境下工作或运动量大的人，如果没有及时补充水分，更容易发生尿结石。
其他因素
年龄与性别
年龄：尿结石可发生于各个年龄段，但不同年龄段的结石成分和发病原因有所差异。儿童尿结石相对较少见，主要与先天性尿路畸形、代谢异常等有关；中青年时期尿结石的形成与代谢因素、生活方式等关系密切；老年人则可能与前列腺增生、尿路梗阻等局部因素以及机体代谢功能减退等有关。
性别：一般来说，男性尿结石的发生率高于女性。这可能与男性的生理结构、代谢特点等有关。例如，男性尿道相对较长且有前列腺等结构，更容易发生尿路梗阻，从而增加尿结石形成的风险；同时，男性在代谢方面可能存在一些差异，如尿酸等代谢相关指标可能与女性不同，也会影响尿结石的发生。
遗传因素：某些遗传性疾病可导致尿结石的形成，如胱氨酸尿症是一种常染色体隐性遗传性疾病，由于肾小管对胱氨酸、赖氨酸、精氨酸、鸟氨酸重吸收障碍，导致尿中胱氨酸浓度升高，易形成胱氨酸结石。研究发现，约1%-2%的尿结石患者存在遗传因素相关的代谢异常。
