甲状腺囊肿的形成与多种因素有关，包括先天性因素（胚胎发育异常致甲状腺局部结构改变）、碘代谢异常（碘摄入不足或过量影响甲状腺代谢致囊肿形成）、炎症因素（甲状腺炎或细菌感染性炎症刺激致滤泡改变形成囊肿）、其他因素（遗传因素使家族成员易患，内分泌紊乱影响甲状腺功能引发囊肿，女性因内分泌系统特点相对易受内分泌紊乱影响致甲状腺囊肿几率较高，男性内分泌疾病等也可致）。
一、先天性因素
部分甲状腺囊肿与先天性因素有关，比如在胚胎发育过程中，甲状腺组织的分化、迁移等出现异常，可能导致甲状腺局部结构发生改变，进而形成囊肿。这种情况在胎儿时期就已存在一定的发育基础，随着生长发育逐渐显现出来，不同性别在先天性因素导致甲状腺囊肿方面并没有明显的差异，主要是由胚胎发育过程中的异常决定。
二、碘代谢异常
碘摄入不足：当人体长期处于碘摄入不足的状态时，甲状腺会通过代偿性增生来试图合成更多的甲状腺激素，在这个过程中可能会出现结构的紊乱，从而增加甲状腺囊肿形成的风险。例如一些偏远地区由于饮食中碘含量匮乏，居民患甲状腺囊肿的几率相对较高。不同生活方式下，如长期素食且不额外补充含碘食物的人群，就更容易面临碘摄入不足的情况，进而影响甲状腺的正常代谢。
碘摄入过量：相反，碘摄入过量也可能引发甲状腺囊肿。过量的碘会干扰甲状腺的正常生理功能，导致甲状腺滤泡上皮细胞的代谢和功能发生改变，使得滤泡内液体潴留等情况出现，最终形成囊肿。长期大量食用含碘丰富的海产品且没有合理控制摄入量的人群，就属于碘摄入过量的高危人群，不同性别在此方面的风险差异不显著，主要与碘的摄入量密切相关。
三、炎症因素
甲状腺炎：如自身免疫性甲状腺炎等，炎症会持续刺激甲状腺组织，使得甲状腺滤泡受到破坏，滤泡壁的通透性改变，液体渗出并积聚，逐渐形成囊肿。在患有自身免疫性甲状腺炎的人群中，无论是男性还是女性，都可能因为炎症的长期作用而增加甲状腺囊肿的发生风险。不同生活方式下，长期精神压力大、免疫力相对较低的人群，更容易受到甲状腺炎等炎症的影响，进而引发甲状腺囊肿相关病变。
细菌感染性炎症：甲状腺部位如果受到细菌感染，炎症反应会导致甲状腺组织出现充血、水肿等改变，也可能引起滤泡结构的异常，从而促使囊肿形成。例如颈部皮肤感染蔓延至甲状腺区域，就可能引发细菌感染性甲状腺炎症，最终导致囊肿出现，不同年龄阶段的人群都可能发生，只是儿童由于免疫系统相对较弱，更容易因细菌感染而引发相关炎症进而导致甲状腺囊肿。
四、其他因素
遗传因素：某些遗传因素可能会使个体具有更容易形成甲状腺囊肿的体质。如果家族中有甲状腺囊肿的病史，那么家族成员患甲状腺囊肿的风险可能会相对较高。不同性别在遗传因素导致甲状腺囊肿方面没有本质差异，主要是家族遗传基因的传递起作用。比如一个家族中多人患有甲状腺囊肿，那么其他家族成员就需要更加关注甲状腺的健康状况，定期进行检查，以便早期发现可能出现的甲状腺囊肿问题。
内分泌紊乱：长期的内分泌紊乱，如雌激素水平的波动等，可能会影响甲状腺的正常功能。甲状腺在激素调节网络中与其他内分泌腺相互作用，内分泌紊乱会打破这种平衡，导致甲状腺滤泡的功能和结构发生变化，进而引发囊肿。女性由于其内分泌系统相对复杂，在月经周期、孕期、更年期等不同阶段，雌激素等激素水平波动较大，相对更容易出现内分泌紊乱，从而增加甲状腺囊肿的发生几率。而男性如果存在内分泌疾病等情况，也可能出现内分泌紊乱，进而影响甲状腺健康导致囊肿形成。
