指甲凹陷可因营养缺乏（儿童挑食偏食、孕妇营养需求增摄入不足、老年人胃肠吸收差易缺营养致）、皮肤病累及（银屑病、扁平苔藓等皮肤疾病可致指甲凹陷，不同皮肤疾病有不同好发人群特点）、外伤致手指局部组织受损（儿童活泼好动、成年人从事易外伤工作易因外伤出现）、系统性疾病影响血液供应或代谢（如雷诺病、外周循环障碍性疾病等，老年人易患相关疾病致）、甲癣由真菌感染破坏指甲结构（免疫力低人群及儿童易感染甲癣致指甲凹陷）等因素引发。
一、营养缺乏因素
指甲的正常生长依赖于充足的营养供应，当机体缺乏特定营养素时可引发指甲凹陷。例如铁缺乏，铁是血红蛋白的重要组成成分，缺铁性贫血患者中约部分会伴随指甲凹陷，这是因为铁缺乏影响了指甲的营养物质运输与代谢，致使指甲结构异常出现凹陷；锌元素对细胞的生长、分化等有重要作用，锌缺乏时指甲角质形成细胞功能受影响，可导致指甲凹陷；维生素A参与上皮组织的维护，维生素A缺乏会使指甲上皮组织功能紊乱，引发指甲凹陷；B族维生素对指甲的角化过程至关重要，缺乏时指甲的正常角化受阻，进而出现凹陷现象。不同年龄段人群受营养缺乏影响的情况有所不同，儿童若存在挑食、偏食等饮食习惯，易发生营养缺乏导致指甲凹陷；孕妇因孕期营养需求增加，若摄入不足也较易出现营养缺乏相关的指甲凹陷；老年人可能因胃肠道吸收功能下降等因素，更易发生营养缺乏性指甲凹陷。
二、皮肤病相关因素
某些皮肤疾病可累及指甲导致凹陷。例如银屑病，银屑病是一种慢性炎症性皮肤病，约有一定比例的银屑病患者会出现指甲损害，其中指甲凹陷是常见表现之一，其机制与银屑病导致的甲床及甲母质的炎症反应有关，炎症影响了指甲的正常生长结构；扁平苔藓也可累及指甲，扁平苔藓引起的甲损害中指甲凹陷较为多见，皮肤与指甲的病理改变相互影响，导致指甲出现凹陷形态改变。不同性别在皮肤病相关指甲凹陷的发生上无显著特异性差异，但不同皮肤疾病的好发人群有一定特点，比如银屑病在青壮年人群中相对多见，而扁平苔藓各年龄段均可发病。
三、外伤因素
手指受到外界的挤压、碰撞等外伤情况，可直接导致指甲局部组织受损，进而出现指甲凹陷。日常生活中，如手指被重物砸到、频繁进行手部剧烈活动导致指甲反复受到摩擦等，都可能引起指甲局部的损伤，使得指甲生长出现异常，形成凹陷。对于儿童而言，由于其活泼好动，在玩耍过程中更易发生手指外伤，从而增加指甲凹陷的发生风险；成年人若从事需要频繁使用手部且易发生外伤的工作，也需注意防范指甲外伤导致的凹陷情况。
四、系统性疾病因素
一些系统性疾病会影响指甲的血液供应或整体代谢，从而引发指甲凹陷。例如雷诺病，患者会出现肢端血管痉挛现象，导致指甲部位的血液供应暂时性减少，影响指甲的正常生长，进而出现指甲凹陷；外周循环障碍性疾病，如动脉硬化等，会使指甲的血液循环不畅，营养物质无法正常输送至指甲，最终导致指甲凹陷。老年人由于血管弹性下降等生理特点，更易患外周循环障碍性疾病，从而增加因系统性疾病导致指甲凹陷的可能性；患有雷诺病的人群，在寒冷刺激等诱因下，病情易发作，进而影响指甲状态。
五、甲癣因素
甲癣是由皮肤癣菌等真菌感染引起的指甲病变，真菌侵入指甲后，会破坏指甲的正常结构和角质层，导致指甲出现凹陷等形态改变。真菌在指甲内生长繁殖过程中，会干扰指甲的正常角化和生长，使得指甲表面不平整，出现凹陷情况。不同人群中甲癣的易感性有所不同，免疫力较低的人群，如糖尿病患者等，相对更易感染甲癣进而出现指甲凹陷；儿童若接触了被真菌污染的物品等，也可能感染甲癣导致指甲异常。
