HPV疫苗接种人群有适合与不适合之分。适合接种的人群按年龄分，二价适合9-45岁女性，四价适合20-45岁男女，九价适合16-26岁男女；按感染史分，未感染或感染过已清除者均可接种，但对已感染特定型别无治疗作用。不适合接种的人群包括过敏体质者（对疫苗成分过敏或既往接种有严重过敏史）、处于特殊生理状态者（妊娠期不建议接种，哺乳期需谨慎咨询，急性病发作期应康复后再考虑）。
一、适合接种HPV疫苗的人群
（一）按年龄划分
1.二价HPV疫苗
适合9~45岁女性。9岁以前的女性接种二价HPV疫苗也有一定预防效果，但9~14岁处于青春期前，免疫系统尚未完全成熟，尽早接种可更早获得保护；45岁后女性感染HPV的风险相对降低，且随着年龄增长，接种疫苗后的免疫应答可能不如年轻人群，所以45岁后接种获益相对减少。
2.四价HPV疫苗
适合20~45岁男女。对于男性来说，四价HPV疫苗可以预防由HPV6、11型引起的肛门生殖器疣等疾病。20岁之前男性免疫系统功能较好，接种后免疫反应可能更强烈；45岁后男性感染相关HPV型别的概率逐渐增加，但疫苗对已感染型别无治疗作用，所以45岁前接种更能发挥预防作用。
3.九价HPV疫苗
适合16~26岁男女。此年龄段人群接种九价HPV疫苗，能覆盖更多高危型和低危型HPV，从而提供更广泛的保护。16岁之前免疫系统对疫苗的反应可能不如16~26岁阶段，26岁后随着年龄增加，感染某些HPV型别的几率上升，接种后产生足够抗体水平的可能性降低。
（二）按感染史划分
1.未感染过HPV的人群
无论男女，未感染过HPV的人群接种疫苗效果较好。因为HPV疫苗主要是通过刺激机体产生抗体来预防未来可能的HPV感染，对于从未接触过HPV的人，疫苗能最大程度发挥预防作用，降低未来感染相关HPV型别进而引发疾病的风险。
2.感染过HPV但已清除的人群
仍可接种HPV疫苗。部分女性可能感染过HPV但通过自身免疫力已经清除病毒，接种疫苗可以预防其他未感染过的HPV型别感染，降低再次感染不同型别HPV导致相关疾病的可能性，例如预防宫颈癌等疾病。不过，对于已经感染过的特定HPV型别，疫苗不能起到治疗作用。
二、不适合接种HPV疫苗的人群
（一）过敏体质人群
1.对HPV疫苗成分过敏者绝对不能接种。例如对疫苗中的酵母成分过敏，因为部分HPV疫苗生产过程中使用酵母细胞来表达抗原，接种后可能会引发严重过敏反应，如过敏性休克等。
2.既往接种疫苗有严重过敏史者也不适合接种。比如既往接种其他疫苗出现过喉头水肿、呼吸困难等严重过敏表现，再次接种HPV疫苗时发生过敏的风险较高。
（二）处于特殊生理状态的人群
1.妊娠期女性
不建议接种HPV疫苗。目前缺乏足够的妊娠期女性接种HPV疫苗的安全性数据，动物实验显示某些疫苗成分可能对胎儿有潜在影响，为了避免可能对胎儿造成的未知风险，妊娠期女性应避免接种HPV疫苗。如果在接种疫苗期间发现怀孕，应暂停后续接种，待分娩后再继续完成接种程序。
2.哺乳期女性
虽然目前认为HPV疫苗在哺乳期接种对婴儿的风险较低，但出于谨慎考虑，一般建议哺乳期女性接种前咨询医生。因为疫苗成分是否会通过乳汁传递给婴儿还不明确，所以需要综合评估接种的获益和潜在风险后再决定是否接种。
3.急性病发作期人群
如正患有发热性疾病、急性严重感染性疾病等，此时人体免疫力处于相对较低或不稳定状态，接种HPV疫苗可能会加重身体不适，也可能影响疫苗的免疫效果，同时还可能增加疫苗不良反应的发生几率，所以应在疾病康复后再考虑接种。
