念珠菌属真菌界子囊菌门等，为单细胞真菌，出芽生殖，广泛存在于自然界及人体，宿主防御受损时致病；霉菌是丝状真菌俗称，有菌丝体，分多门类，多生长于潮湿等环境，部分产毒素，可直接致人体感染，两者在生物学分类、形态结构、生态环境、致病性等方面存在差异。
一、生物学分类方面
1.念珠菌：属于真菌界、子囊菌门、酵母纲、酵母目、念珠菌科、念珠菌属，常见的有白色念珠菌等，是单细胞真菌，以出芽生殖为主。例如白色念珠菌在形态上呈圆形或卵圆形，细胞较小，直径一般在2-4μm左右，在培养基上生长时，菌落通常为奶油色或白色，表面光滑。
2.霉菌：是丝状真菌的俗称，属于真菌界、子囊菌门、担子菌门等多个门类，种类繁多，包括曲霉属、青霉属、毛霉属等。霉菌具有由菌丝构成的菌丝体，菌丝有分隔菌丝和无隔菌丝之分，其个体一般比念珠菌大，菌丝直径通常在几微米到几十微米不等，在培养基上可形成较大的菌落，形态多样，有绒毛状、棉絮状等，颜色丰富，如青霉常呈青绿色，曲霉可能有黄色、黑色等多种颜色。
二、形态结构方面
1.念珠菌：单细胞，细胞结构包括细胞壁、细胞膜、细胞质、细胞核等，细胞壁主要成分有葡聚糖等，其出芽生殖时，母细胞会生出小芽体，逐渐发育成新的个体，在组织中有时可形成假菌丝，假菌丝是由相连的芽生孢子构成，与真菌丝不同，真菌丝是由多个细胞连续生长形成且细胞间有隔膜。
2.霉菌：由菌丝组成，菌丝可分为营养菌丝和气生菌丝，营养菌丝深入培养基内吸收营养物质，气生菌丝向空间生长，部分气生菌丝可分化出繁殖结构，如曲霉的分生孢子头就是由气生菌丝分化而来的繁殖结构，霉菌的菌丝有横隔或无横隔，横隔将菌丝分隔成多个细胞，每个细胞有相应的功能。
三、生态环境方面
1.念珠菌：广泛存在于自然界中，也寄生于人体的皮肤、口腔、胃肠道、阴道等部位，属于人体的正常菌群之一，在正常情况下与人体处于共生状态，但当人体免疫功能低下、长期大量使用广谱抗生素、内分泌失调等情况下，念珠菌可大量繁殖引发感染，例如在糖尿病患者、长期使用糖皮质激素的患者中，念珠菌性感染较为常见，其适宜生长的pH值范围等有一定特点，一般在中性偏酸环境下较易生长。
2.霉菌：多生长在潮湿、温暖、有机质丰富的环境中，如发霉的粮食、腐烂的水果、潮湿的墙壁等，在自然界中分布极广，空气中也存在大量霉菌孢子，霉菌在生态系统中主要参与有机质的分解过程，但一些霉菌可引起物品的霉变损坏，同时也能引起人体的霉菌感染，如肺曲霉病等，不同种类的霉菌对环境条件的要求有所差异，例如毛霉较喜好高温高湿环境，而青霉在相对较广的温度和湿度范围内都能生长。
四、致病性方面
1.念珠菌：一般情况下致病性相对较弱，当宿主防御功能受损时可致病，引起的疾病有皮肤念珠菌病（如指间糜烂、尿布疹等）、黏膜念珠菌病（如口腔念珠菌病-鹅口疮、阴道炎等）、侵袭性念珠菌病（如念珠菌血症、念珠菌性肺炎、念珠菌性脑膜炎等），其致病机制包括黏附到宿主细胞表面、产生毒性物质等，例如白色念珠菌能产生磷脂酶、蛋白酶等，这些酶类可破坏宿主组织的完整性，帮助念珠菌侵入组织并引起炎症反应。
2.霉菌：部分霉菌可产生真菌毒素，对人体和动物有毒害作用，同时霉菌可直接引起人体感染，如皮肤霉菌感染（如足癣、体癣等）、肺部霉菌感染（如曲霉引起的肺曲霉病、毛霉引起的毛霉病等），霉菌感染的途径主要有吸入霉菌孢子、接触被霉菌污染的物体等，其致病过程中，霉菌的菌丝可侵入人体组织，引起组织的炎症、坏死等病变，不同霉菌引起的感染症状和部位有所不同，例如曲霉常侵犯肺部，毛霉易侵犯鼻窦、脑部等部位。
