阴茎短小受遗传、内分泌、肥胖、药物、疾病、生活方式等多种因素影响，遗传决定基础，内分泌中雄激素缺乏等可致发育异常，肥胖致激素失衡，药物不合理使用有不良影响，阴茎自身及全身性疾病会干扰，不良生活习惯与缺乏运动也会产生不利作用。
内分泌因素
雄激素缺乏：雄激素在男性阴茎发育中起着至关重要的作用。胎儿时期，雄激素促使阴茎正常分化和发育；青春期时，雄激素能促进阴茎的进一步生长、增粗等。如果在胚胎时期雄激素分泌不足，或者青春期时体内雄激素水平低下，如患有先天性肾上腺皮质增生症、垂体疾病等导致雄激素分泌障碍，就会影响阴茎的正常发育，使其出现短小的状况。例如，先天性睾丸发育不全综合征患者，由于睾丸功能异常，雄激素分泌减少，往往会伴有阴茎短小的表现。
其他内分泌相关疾病：一些其他内分泌疾病也可能间接影响阴茎发育。比如甲状腺功能减退症，甲状腺激素对全身的生长发育包括生殖系统的发育都有影响，甲状腺激素缺乏会导致机体代谢减慢，影响包括阴茎在内的多个器官的正常发育进程，从而可能引起阴茎短小。
肥胖因素
过度肥胖的男性中，阴茎短小的比例相对较高。这是因为肥胖者体内的脂肪会将雄激素芳香化转化为雌激素，导致体内雄激素水平相对降低，干扰了正常的内分泌平衡，影响阴茎的发育；同时，过多的脂肪堆积可能会对阴茎的外观产生视觉上的影响，从表面上看显得阴茎相对短小。例如，研究发现肥胖男性的雌激素水平往往高于正常体重男性，而雄激素水平相对较低，这种激素失衡与阴茎短小存在一定关联。
药物因素
长期使用某些药物：某些药物可能会对阴茎发育或功能产生不良影响。例如，在儿童时期长期使用一些影响内分泌系统的药物，如某些糖皮质激素类药物，可能会抑制下丘脑-垂体-性腺轴的功能，影响雄激素的正常分泌，从而干扰阴茎的正常发育，导致成年后阴茎短小。不过，这种情况相对较少见，通常是在不合理用药的情况下发生。
疾病因素
阴茎本身的疾病：如先天性阴茎发育异常，包括阴茎海绵体发育不良等，会直接导致阴茎短小；阴茎外伤后导致阴茎海绵体损伤，影响其正常的生长和勃起功能，也可能使阴茎外观上显得短小；阴茎炎症性疾病如果长期不愈，可能会影响阴茎的正常发育过程，进而出现短小的情况。
全身性疾病：一些慢性疾病，如慢性肾功能衰竭，会影响机体的代谢和内分泌功能，导致雄激素合成减少等，从而影响阴茎发育；严重的心脏病、糖尿病等全身性疾病，也可能通过影响身体的整体健康状况、营养状况以及内分泌等多方面因素，间接导致阴茎短小。例如，糖尿病患者如果血糖控制不佳，长期高血糖状态会影响神经和血管功能，包括影响阴茎海绵体的血管功能和神经传导，进而可能影响阴茎的正常发育和勃起功能，从外观上也可能表现为阴茎相对短小。
生活方式因素
不良的生活习惯：长期吸烟、酗酒等不良生活习惯可能会影响阴茎的发育和功能。吸烟会导致血管收缩，影响阴茎海绵体的血液供应，不利于阴茎的正常生长发育；酗酒会损害肝脏等器官的功能，影响激素的代谢和内分泌平衡，从而可能对阴茎发育产生不利影响。例如，吸烟的男性中，阴茎短小的发生率可能相对较高，这与吸烟导致的血管内皮功能受损、血液循环障碍等因素有关。
缺乏运动：缺乏运动的男性往往容易出现肥胖等问题，而肥胖又与阴茎短小存在关联，同时缺乏运动也可能影响整体身体健康状况，间接对阴茎发育产生不利影响。适当的运动有助于维持身体的正常代谢和内分泌平衡，促进血液循环等，对包括阴茎在内的生殖系统健康有积极作用，长期缺乏运动则可能干扰这一良好状态。
