病毒性脑炎症状多样，一般症状有发热、头痛、全身不适；神经系统症状包括意识障碍（轻为嗜睡、重为昏迷）、癫痫发作（部分或全身）、脑膜刺激征（颈项强直、克氏征及布氏征阳性）、精神症状（情绪异常、认知障碍）、局灶性神经功能缺损（如肢体无力、感觉减退、失语等），不同年龄段表现有差异。
一、一般症状
病毒性脑炎是由病毒感染引起的脑实质炎症，不同年龄段人群症状有一定差异。儿童患者可能起病相对较急，成人也可急性或亚急性起病。常见的一般症状有发热，体温可高达38℃-40℃甚至更高，这是因为病毒感染机体后引发免疫反应，导致体温调节中枢紊乱。还可能伴有头痛，疼痛程度不一，可为胀痛、跳痛等，是由于颅内炎症刺激脑膜或脑血管所致。部分患者会出现全身不适，如乏力、肌肉酸痛等，这是因为病毒感染引发全身炎症反应，影响机体代谢和肌肉功能。
二、神经系统症状
1.意识障碍
轻度患者可表现为嗜睡，即患者处于持续睡眠状态，能被唤醒，唤醒后可进行简单对话，但停止刺激后又迅速入睡。
重度患者可出现昏迷，患者意识完全丧失，对任何刺激均无反应。儿童由于神经系统发育尚不完善，意识障碍表现可能更突出，且变化较快。例如一些疱疹病毒性脑炎患儿，可能在起病后很快从嗜睡进展为昏迷。成人意识障碍的发生与病毒对大脑皮质及网状上行激活系统的损害有关，影响了大脑的觉醒功能。
2.癫痫发作
部分病毒性脑炎患者会出现癫痫发作，可为部分性发作，表现为身体某一局部的不自主抽动，如手指、脚趾、面部肌肉等的抽动；也可为全身性发作，表现为全身肌肉强直性收缩、意识丧失、双眼上翻、口吐白沫等。其发生机制是病毒感染导致脑神经元异常放电，儿童患者癫痫发作可能与病毒对未成熟大脑的影响更为复杂，而成人则与大脑神经元的损伤及电生理改变相关。例如单纯疱疹病毒性脑炎患者较易出现癫痫发作，这是因为该病毒常侵犯颞叶等脑区，导致局部神经元病变引发异常放电。
3.脑膜刺激征
表现为颈项强直，患者仰卧，被动屈颈时抵抗力增强，头不能自如前屈；克氏征阳性，即患者仰卧，一侧髋关节屈成直角后，膝关节也在近乎直角状态时，检查者将患者小腿抬高，正常人大腿与小腿可成角大于135°，阳性时小于135°且有疼痛及阻力；布氏征阳性，患者仰卧，前屈其颈时发生双侧髋、膝关节屈曲。这是由于炎症累及脑膜，刺激神经根所致，儿童和成人均可出现，但儿童因颈部肌肉相对较软，颈项强直表现可能不如成人典型。
4.精神症状
部分患者会出现精神症状，如情绪异常，表现为烦躁不安、抑郁、兴奋多语等；认知障碍，表现为记忆力减退、定向力障碍等。例如一些肠道病毒性脑炎患者可能出现精神症状，这与病毒侵犯大脑的边缘系统等有关，边缘系统与情绪、记忆等功能密切相关。儿童患者精神症状可能更易被忽视，因为儿童表达能力相对较弱，而成人精神症状相对更易察觉，但都反映了病毒对大脑相关功能区域的损害。
5.局灶性神经功能缺损症状
根据病毒侵犯的不同脑区，可出现相应的局灶性神经功能缺损症状。若侵犯运动区，可出现肢体无力、瘫痪等；侵犯感觉区，可出现感觉减退、麻木等；侵犯语言中枢，可出现失语症，包括运动性失语（能理解他人语言，但自己不能表达）、感觉性失语（能表达，但不能理解他人语言）等。例如腮腺炎病毒性脑炎患者可能出现一侧肢体的无力，这是因为病毒侵犯了对侧大脑的运动中枢相关区域。儿童由于大脑具有一定可塑性，部分局灶性神经功能缺损在早期经过治疗可能有一定恢复，但成人恢复相对困难，且不同脑区受损的症状表现与该脑区的功能密切相关。
