上皮细胞计数异常可由多种因素引起，生理性因素包括个体差异及妊娠因素；病理性因素有免疫系统疾病（如系统性红斑狼疮、类风湿关节炎）、血液系统疾病（如再生障碍性贫血、白血病）、感染性疾病（如严重病毒感染、严重细菌感染）；其他因素包含药物因素、营养因素、环境因素，这些因素或影响上皮细胞生成、代谢等过程，或破坏其生长环境等，导致上皮细胞计数出现异常情况
一、生理性因素
（一）个体差异
不同个体之间上皮细胞计数可能存在一定生理性波动，比如部分健康人群由于自身细胞代谢等生理特点，可能出现上皮细胞计数略低情况，但一般仍在正常参考范围内且无相关不适症状，这种情况通常与年龄、性别等基础生理特征有关，如儿童处于生长发育阶段，细胞更新代谢情况与成人有别，但只要整体健康且无异常症状，单纯上皮细胞计数低可能无病理意义。
（二）妊娠因素
孕妇在妊娠期由于身体生理状态改变，可能出现上皮细胞计数相对偏低情况，这是因为妊娠期机体处于特殊的内分泌及生理适应状态，身体各系统包括上皮细胞相关代谢等发生变化，但一般属于生理性波动范畴，需结合孕妇整体健康状况及其他相关检查综合判断。
二、病理性因素
（一）免疫系统疾病
1.系统性红斑狼疮：患者免疫系统紊乱，会影响上皮细胞的生成、代谢等过程，导致上皮细胞计数降低。研究表明，在系统性红斑狼疮患者中，由于自身免疫攻击相关细胞及组织，可干扰上皮细胞的正常数量维持，同时常伴随其他系统症状，如皮肤红斑、关节疼痛等。
2.类风湿关节炎：该疾病也可能累及影响上皮细胞的状态，造成上皮细胞计数低。其发病机制与自身免疫介导的炎症反应有关，炎症反应可能影响到上皮细胞所在组织的微环境，使得上皮细胞的生成或存活受到影响。
（二）血液系统疾病
1.再生障碍性贫血：骨髓造血功能衰竭，会导致包括上皮细胞前体细胞在内的各种血细胞前体细胞生成减少，从而引起上皮细胞计数低。因为骨髓是血细胞生成的主要场所，再生障碍性贫血时骨髓造血干细胞受损，影响了上皮细胞等相关细胞的产生。
2.白血病：白血病细胞在骨髓内异常增殖，占据正常造血空间，抑制了正常上皮细胞等的生成，进而出现上皮细胞计数低的情况。不同类型白血病对骨髓造血功能的抑制程度不同，会导致上皮细胞等血细胞计数出现相应变化。
（三）感染性疾病
1.严重病毒感染：如重度流感病毒感染等，病毒在体内大量复制，引发机体强烈免疫反应，消耗机体资源，同时影响上皮细胞的正常代谢与生成，导致上皮细胞计数降低。例如流感病毒感染时，机体处于应激状态，影响上皮组织相关细胞的稳定。
2.严重细菌感染：当发生严重细菌感染，如败血症等情况时，细菌产生的毒素等物质会影响上皮细胞的生长环境，破坏上皮细胞的正常生理功能，导致上皮细胞计数低。细菌感染引发的全身炎症反应会干扰上皮细胞所在组织的微环境，进而影响上皮细胞数量。
三、其他因素
（一）药物因素
某些药物的使用可能会影响上皮细胞计数，例如一些化疗药物，在抑制肿瘤细胞的同时，也可能对正常上皮细胞产生一定毒性作用，导致上皮细胞计数降低。不同药物对上皮细胞的影响机制不同，有的可能干扰上皮细胞的有丝分裂等过程。
（二）营养因素
长期营养不良，尤其是缺乏某些与上皮细胞生长、修复密切相关的营养素，如维生素A等，会影响上皮细胞的正常代谢与生成，从而导致上皮细胞计数低。维生素A对上皮组织的完整性和正常功能维持至关重要，缺乏时会影响上皮细胞的状态。
（三）环境因素
长期处于不良环境中，如接触大量有害物质、辐射等，可能损伤上皮细胞，导致其计数降低。例如长期接触化学毒物的人群，其上皮细胞可能受到损伤，数量出现异常。
