晨起口干口苦口臭的原因包括口腔局部因素如口腔卫生不良、龋齿、牙周炎，全身系统性疾病如糖尿病、胃肠道疾病、呼吸系统疾病，其他因素如药物副作用、生活方式，口腔卫生不良会因睡眠时唾液分泌少自洁作用低致食物残渣细菌滋生发酵，龋齿会因龋坏处滞留残渣细菌繁殖产异味并影响唾液分泌，牙周炎因有大量菌斑牙石致炎症反应产生异味及影响唾液，糖尿病因血糖高刺激口渴中枢、高血糖环境利于细菌繁殖及合并自主神经病变影响唾液腺分泌，胃肠道疾病如胃食管反流病因胃酸反流致口苦口臭且影响唾液分泌，呼吸系统疾病如鼻窦炎致鼻腔分泌物倒流口腔引起口臭及用口呼吸致口干，药物副作用如某些药可致口干进而致相关症状，生活方式中长期吸烟饮酒会影响口腔和呼吸道环境致口干异味等，老年人因多种因素更易受影响，儿童也可能因相关情况出现。
口腔卫生不良：夜间睡眠时，口腔唾液分泌减少，自洁作用降低。若晨起未及时刷牙漱口，食物残渣、细菌等在口腔内滋生、发酵，可导致口干口苦口臭。尤其对于儿童，若睡前未认真刷牙，更易出现此类情况；老年人由于口腔肌肉功能减退、唾液腺功能下降等原因，也较易发生口腔卫生不良相关的口干口苦口臭问题。
龋齿：牙齿龋坏处容易滞留食物残渣，细菌在龋洞内繁殖，可产生异味，同时可能影响唾液分泌，导致晨起口干口苦。儿童若爱吃甜食且口腔卫生不佳，患龋齿的风险较高；成年人长期口腔卫生维护不当也可能引发龋齿相关的口干口苦口臭。
牙周炎：牙周炎患者口腔内存在大量菌斑、牙石，细菌及其代谢产物会引发炎症反应，导致牙龈出血、红肿、溢脓，同时产生异味，并且炎症可能影响唾液的量和性质，造成晨起口干口苦。不同年龄段人群均可患牙周炎，吸烟者、糖尿病患者等患牙周炎的风险相对更高，这些因素也会影响牙周炎的发生发展及口干口苦口臭的程度。
全身系统性疾病
糖尿病：糖尿病患者血糖控制不佳时，血糖升高会使血液渗透压增高，刺激口渴中枢，导致口干。同时，高血糖环境有利于细菌繁殖，口腔内细菌滋生可引起口臭，而且糖尿病患者常合并自主神经病变，影响唾液腺的分泌功能，进一步加重口干口苦。儿童糖尿病相对少见，但一旦发病也会出现相应症状；成年人糖尿病患者中，若血糖长期控制不理想，更易出现晨起口干口苦口臭的情况。
胃肠道疾病：如胃食管反流病，胃酸反流至口腔，可引起口苦、口臭，同时胃肠道功能紊乱可能影响唾液的分泌和成分，导致口干。不同年龄段人群均可患胃肠道疾病，老年人胃肠道蠕动功能减弱，更易发生胃食管反流病相关的口干口苦口臭；儿童若饮食不规律、暴饮暴食等也可能引发胃肠道功能紊乱，进而出现类似症状。
呼吸系统疾病：如鼻窦炎、慢性支气管炎等。鼻窦炎患者鼻腔分泌物倒流至口腔，可引起口臭，同时鼻腔通气不畅可能导致患者用口呼吸，使口腔水分丢失，出现口干，炎症也可能影响口腔内环境导致口苦。儿童鼻窦炎多与上呼吸道感染等因素相关；成年人慢性支气管炎患者由于呼吸道分泌物增多、炎症等原因，较易出现晨起口干口苦口臭的情况。
其他因素
药物副作用：某些药物如抗组胺药、降压药等可能引起口干的副作用，进而导致晨起口干口苦口臭。老年人由于常服用多种药物，药物间的相互作用及药物副作用的影响更为明显；儿童一般较少因药物导致此类情况，但如有特殊疾病需长期用药时也需关注药物副作用。
生活方式：长期吸烟的人，烟草中的尼古丁等成分会影响口腔和呼吸道的环境，导致口腔干燥、异味产生，同时吸烟会损害呼吸系统和口腔健康，加重口干口苦口臭。饮酒过量也会影响口腔唾液分泌，导致口干，并且酒精代谢产物可能引起口臭，晨起时更为明显。儿童一般不存在吸烟饮酒的情况，但家长吸烟可能导致儿童被动吸烟，也会对其口腔和呼吸道健康产生不良影响；成年人中长期吸烟饮酒者患口干口苦口臭的风险显著增加。
