阴茎变短可能由多种因素引起，年龄方面儿童期若有先天性发育异常等问题可能影响后续发育，成年后随年龄增长雄激素水平下降可能致阴茎相对变短；疾病因素包括内分泌疾病如性腺功能减退症、甲状腺疾病，阴茎本身疾病如阴茎硬结症、阴茎外伤；生活方式因素有肥胖使雄激素转化为雌激素、吸烟影响阴茎血液供应、过度手淫可能带来不良影响；其他因素包含药物影响和环境中内分泌干扰物的作用。
一、年龄因素
儿童期：儿童阴茎的大小处于逐渐发育阶段，此时期一般不存在阴茎变短情况，但如果存在先天性发育异常等问题可能影响后续正常发育进程。例如一些先天性的内分泌疾病可能导致雄激素分泌不足，影响阴茎的正常生长发育，不过这种情况相对较少见。
成年后：随着年龄增长，男性体内雄激素水平会逐渐下降，这可能会引起阴茎海绵体的弹性纤维减少等变化，进而可能导致阴茎在一定程度上出现相对变短的表现，但这是一个相对缓慢的过程，一般不会在短期内有明显的变短情况。
二、疾病因素
内分泌疾病
性腺功能减退症：体内雄激素分泌减少，会影响阴茎的正常发育和维持。例如垂体病变导致促性腺激素分泌不足，或者睾丸本身病变影响雄激素合成，都会使阴茎发育受影响，出现相对变短情况。有研究表明，性腺功能减退症患者中约一定比例会出现阴茎形态和长度的改变。
甲状腺疾病：严重的甲状腺功能减退时，机体代谢减缓，可能会影响性激素的代谢等，间接对阴茎产生影响。甲状腺功能亢进时，机体代谢亢进也可能对内分泌系统产生干扰，进而影响阴茎相关情况，但相对性腺功能减退症对阴茎长度影响的直接性较弱。
阴茎本身疾病
阴茎硬结症：阴茎海绵体白膜上出现纤维性硬结，可能会导致阴茎勃起时弯曲、缩短等情况。这种疾病会影响阴茎的正常解剖结构和功能，使得阴茎在外观和长度上出现异常改变，临床上有相关病例报道显示部分患者存在阴茎变短现象。
阴茎外伤：如果阴茎受到严重外伤，如骨折等情况，在受伤修复过程中可能会出现瘢痕组织形成，导致阴茎缩短。例如阴茎海绵体白膜破裂后没有得到正确及时的治疗，愈合过程中瘢痕挛缩就可能引起阴茎变短。
三、生活方式因素
肥胖：肥胖男性体内脂肪组织会将雄激素转化为雌激素，导致体内雄激素水平相对降低，影响阴茎发育和维持。研究发现，肥胖人群中阴茎短小的发生率相对高于正常体重人群。过多的脂肪堆积可能会使阴茎根部周围的脂肪组织增多，从外观上给人一种阴茎变短的错觉，但实际上更主要的是内分泌方面的影响。
吸烟：吸烟会影响血管内皮功能，导致阴茎海绵体血管收缩，影响阴茎的血液供应。长期吸烟可能会逐渐损害阴茎的勃起功能和正常形态，虽然不一定直接导致阴茎变短，但会影响阴茎的健康状态，长期下来可能会对阴茎的长度等产生不良影响。有相关研究显示，吸烟人群中阴茎相关健康问题的发生率高于非吸烟人群。
过度手淫：适度手淫一般不会对身体造成明显不良影响，但如果过度手淫，可能会引起阴茎局部的损伤或者导致心理上的焦虑等，间接影响阴茎的正常状态。不过目前并没有确凿的大规模研究表明过度手淫会直接导致阴茎变短，但过度手淫可能会带来一系列生殖系统相关的不良心理和生理影响。
四、其他因素
药物影响：某些药物可能会影响阴茎的长度等情况。例如长期使用一些抗雄激素药物，会抑制雄激素的作用，可能导致阴茎发育受影响或者出现相对变短。还有一些化疗药物等，可能会对生殖系统产生毒性作用，影响阴茎的正常结构和功能，但这种情况相对较少见，且多与药物的特定作用机制相关。
环境因素：长期处于含有内分泌干扰物的环境中，如一些被农药、塑料制品中的化学物质污染的环境，这些内分泌干扰物可能会干扰体内激素的正常调节，影响阴茎的发育和维持。虽然这类环境因素导致阴茎变短的机制相对复杂，但已有一些研究提示其与生殖系统发育异常等存在关联。
