细菌和真菌在细胞结构、生长繁殖、代谢及致病性方面存在差异。细胞结构上细菌细胞壁主要成分是肽聚糖、无成形细胞核，真菌细胞壁主要成分是几丁质、有成形细胞核；生长繁殖中细菌主要二分裂繁殖、适应环境能力强，真菌繁殖方式多样、喜温暖潮湿环境；代谢里细菌能量代谢方式多样，真菌主要有氧呼吸，营养需求和酶分泌有别；致病性方面细菌靠毒素等致病，真菌靠菌丝侵袭等，感染表现和诊断各有特点。
一、细胞结构方面
细胞壁成分：细菌细胞壁主要成分是肽聚糖，例如金黄色葡萄球菌的细胞壁由肽聚糖等构成；而真菌细胞壁主要成分是几丁质，像酵母菌的细胞壁含有几丁质等成分。不同的细胞壁成分使得它们对一些作用于细胞壁的药物反应不同，比如作用于肽聚糖合成的抗生素对细菌有作用，对真菌作用不大。
细胞核结构：细菌属于原核生物，没有成形的细胞核，其遗传物质DNA集中在拟核区域；真菌属于真核生物，有成形的细胞核，细胞核中有核膜包裹着遗传物质。这一结构差异导致它们在基因表达调控等细胞功能方面存在显著不同，真核生物的基因表达调控机制比原核生物更复杂，涉及到更多的细胞器参与等情况。
二、生长繁殖方面
繁殖方式：细菌主要以二分裂的方式进行无性繁殖，即一个细菌细胞分裂成两个基本相同的子代细胞，繁殖速度相对较快，在适宜条件下，例如大肠杆菌在合适的温度、营养等条件下，几十分钟就能繁殖一代；真菌的繁殖方式多样，有无性繁殖和有性繁殖，无性繁殖可通过孢子萌发等方式，有性繁殖则是通过两性细胞结合形成有性孢子等，真菌的孢子种类较多，如酵母菌的出芽生殖属于无性繁殖的一种特殊形式，霉菌可通过产生分生孢子等进行繁殖，其繁殖速度相对细菌可能较慢，但也因种类而异。
对环境要求：细菌适应环境的能力很强，在土壤、水、空气等各种环境中都能生存，有些细菌可以在极端环境中生存，如嗜热菌能在高温环境中生长，嗜酸菌能在酸性环境中生长；真菌一般喜欢温暖、潮湿的环境，在有机物丰富的地方容易生长，比如潮湿的衣物、腐烂的水果等地方容易滋生真菌，当然也有一些真菌能在相对较干燥等环境中生存，但总体而言对环境湿度等要求相对细菌有一定特殊性。
三、代谢方面
能量代谢：细菌的能量代谢方式多样，有需氧呼吸、厌氧呼吸和发酵等，例如醋酸菌进行需氧呼吸来氧化葡萄糖产生能量；真菌一般主要通过有氧呼吸获取能量，当然也有部分真菌能进行厌氧呼吸，但相比细菌，其能量代谢途径相对没有细菌那么多样化。
营养需求：细菌需要的营养物质包括碳源、氮源、无机盐等，不同细菌对营养物质的具体需求有差异，如有的细菌需要特定的生长因子；真菌也需要碳源、氮源等营养物质，但真菌对某些营养物质的需求特点不同，比如真菌在生长过程中可能对某些维生素等的需求与细菌不同，而且真菌往往能分泌一些酶来分解复杂的有机物，如纤维素酶等，以获取营养，而细菌的酶分泌情况也各有不同，有的细菌分泌胞外酶来分解周围的营养物质。
四、致病性方面
致病机制：细菌的致病性可通过产生毒素（如外毒素和内毒素）、侵袭性酶等发挥作用，例如破伤风杆菌产生外毒素导致肌肉痉挛；真菌的致病性一方面可通过菌丝的侵袭作用，另一方面可产生真菌毒素等，如黄曲霉产生的黄曲霉毒素有很强的毒性和致癌性等，而且真菌引起的感染往往在免疫功能低下的人群中更易发生，比如艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂的患者等，因为他们的免疫防御功能减弱，更容易受到真菌的侵袭，而细菌感染在不同免疫状态人群中均可发生，但免疫功能低下者也易感染严重细菌感染。
感染表现：细菌感染引起的疾病症状多样，常见的有发热、局部炎症等，如肺炎链球菌引起的肺炎表现为发热、咳嗽、咳痰等肺部炎症症状；真菌引起的感染根据感染部位不同表现不同，浅部真菌感染可引起皮肤癣症等，如足癣表现为脚部皮肤瘙痒、脱屑等，深部真菌感染可累及内脏器官，如肺部曲霉感染可引起咳嗽、咯血等肺部症状，而且真菌性感染的诊断相对细菌感染有时更具挑战性，因为其临床表现有时不典型等。
