阴茎短小萎缩可由多种因素引起，包括先天性因素如染色体异常、先天性阴茎发育不良；内分泌因素如雄激素缺乏、其他激素失衡；后天性因素如外伤、感染、不良生活方式；医源性因素如手术影响。
一、先天性因素
1.染色体异常
如克氏综合征（47，XXY），患者染色体核型异常，除了有阴茎短小萎缩的表现外，还可能伴有睾丸发育不良等情况。正常男性染色体核型为46，XY，而克氏综合征患者额外多了一条X染色体，这种染色体的异常会影响性激素的分泌以及生殖系统的正常发育，导致阴茎发育异常，出现短小萎缩的状况。
2.先天性阴茎发育不良
胚胎发育时期，阴茎的发育受到多种基因调控和激素等因素的影响。如果在胚胎发育过程中，相关基因出现突变或者发育相关的调控机制出现异常，就可能导致阴茎先天性发育不良，表现为阴茎短小萎缩。例如，一些与阴茎海绵体发育相关的基因发生突变，会影响海绵体的正常形成和生长，进而影响阴茎的大小和形态。
此外，母亲在孕期的一些不良因素也可能影响胎儿阴茎发育，如孕期感染某些病毒（如风疹病毒等）、接触某些致畸物质等，都可能干扰胚胎生殖系统的正常发育，导致出生后阴茎短小萎缩。
二、内分泌因素
1.雄激素缺乏
雄激素对男性生殖器官的发育起着关键作用。雄激素主要由睾丸间质细胞分泌，当体内雄激素分泌不足时，会影响阴茎的正常发育。例如，先天性睾丸发育不全，睾丸不能正常分泌足够的雄激素，会导致阴茎短小萎缩。在青春期前，如果雄激素缺乏，还会影响第二性征的发育，包括阴茎的发育；成年后雄激素缺乏也可能导致已发育的阴茎出现萎缩情况。
垂体疾病也可能导致雄激素分泌不足，如垂体肿瘤等病变会影响垂体分泌促性腺激素，进而影响睾丸雄激素的分泌，最终影响阴茎的发育和维持正常形态，出现短小萎缩现象。
2.其他激素失衡
除雄激素外，生长激素等也与阴茎发育有关。生长激素缺乏会影响身体的整体生长发育，包括生殖器官的发育，可能导致阴茎短小萎缩。甲状腺激素也对生长发育有调节作用，甲状腺功能减退时，会影响机体的代谢和生长发育过程，包括阴茎的发育，导致阴茎短小萎缩。
三、后天性因素
1.外伤
阴茎部位受到严重外伤，如骑跨伤等，可能会损伤阴茎的血管、神经以及海绵体等结构。如果外伤导致阴茎海绵体白膜破裂等情况，没有得到及时有效的治疗，可能会影响阴茎的血液供应和正常结构，进而导致阴茎短小萎缩。例如，严重的骑跨伤可能破坏阴茎海绵体的完整性，影响其正常的充血功能，长期下来就会导致阴茎萎缩变小。
会阴部的外伤还可能损伤支配阴茎的神经，影响神经对阴茎勃起等功能的调控，也会影响阴茎的正常发育和维持，导致阴茎短小萎缩。
2.感染
阴茎部位的严重感染，如阴茎结核等。结核杆菌感染阴茎后，会破坏阴茎的组织细胞，影响阴茎的正常结构和功能。结核杆菌会引起局部组织的炎症反应，长期的炎症刺激会导致阴茎组织的破坏和纤维化，进而出现阴茎短小萎缩的情况。
性传播疾病如梅毒，在晚期时也可能累及阴茎，导致阴茎组织受损，出现萎缩等病变。梅毒螺旋体感染后，会逐渐侵犯阴茎的血管、组织等，影响其正常的生理功能，最终导致阴茎短小萎缩。
3.不良生活方式
长期吸烟酗酒。香烟中的尼古丁等有害物质会影响血管的收缩舒张功能，导致阴茎海绵体的血管收缩，影响阴茎的血液供应。酒精会损害肝脏等器官，影响激素的代谢和分泌，长期下去会影响雄激素的水平以及阴茎的正常发育和维持，导致阴茎短小萎缩。
过度肥胖。肥胖可能导致体内雌激素水平相对升高，雄激素水平相对降低，影响雄激素对阴茎发育的作用。同时，肥胖还可能引起代谢综合征等，影响身体的内分泌和血管功能，间接影响阴茎的发育和形态，导致阴茎短小萎缩。
四、医源性因素
1.手术影响
某些盆腔、阴茎部位的手术可能会影响阴茎的血供或结构。例如，前列腺癌根治术等手术过程中，如果损伤了供应阴茎的血管，会导致阴茎血液供应不足，长期可能引起阴茎萎缩变小。
先天性尿道下裂等疾病的手术矫正过程中，如果手术操作不当，可能会影响阴茎的正常发育，导致术后阴茎短小萎缩。手术过程中对阴茎海绵体等结构的过度损伤或者修复不当，都可能影响阴茎的正常形态和功能。
