清晨口苦口臭的原因包括口腔局部因素如口腔卫生不良、牙齿疾病，胃肠道因素如消化不良、胃食管反流病，呼吸系统因素如鼻窦炎、扁桃体结石，全身性疾病因素如糖尿病、肝胆疾病，还有药物因素和不良生活方式等。
口腔卫生不良：夜间睡眠时口腔唾液分泌减少，口腔自洁作用减弱，细菌容易滋生繁殖。若平时不注意口腔清洁，食物残渣、菌斑等堆积在牙齿表面、牙龈边缘等部位，经过一夜的发酵、分解，可产生异味，导致清晨口苦口臭。例如，有研究发现，口腔卫生差的人群中，清晨口苦口臭的发生率明显高于口腔卫生良好者。不同年龄层人群均可能因口腔卫生不良出现该情况，儿童若不认真刷牙，也易因食物残渣残留引发此问题；成年人若长期忽视口腔清洁，同样易受影响。
牙齿疾病：
龋齿：龋洞内容易滞留食物碎屑，细菌在其中大量繁殖，发酵产生有害物质，可引起口苦口臭。比如，深龋的龋洞内容易堆积腐败坏死组织，细菌分解这些物质会产生异味。各个年龄段都可能患龋齿，儿童由于饮食中糖分摄入相对较多且口腔清洁相对不彻底，患龋齿风险较高；成年人若口腔卫生维护不佳，也可能发生龋齿。
牙龈炎：牙龈发炎时，牙龈组织充血、肿胀，容易出血，细菌及其代谢产物积聚，会导致口臭。牙龈炎在不同年龄人群中都可能出现，青少年由于青春期激素水平变化等因素，易患青春期牙龈炎，从而可能引发清晨口苦口臭；成年人若患有慢性牙龈炎，也会有此表现。
牙周炎：牙周炎患者牙周袋内存在大量的细菌菌斑、牙石等，细菌产生的毒素等会引起牙周组织的炎症反应，同时伴有牙龈出血、牙周袋溢脓等情况，进而导致严重的口苦口臭。中老年人是牙周炎的高发人群，但年轻人若口腔卫生差等也可能患上牙周炎。
胃肠道因素
消化不良：夜间睡眠时胃肠蠕动相对减慢，若晚餐进食过多、过快或进食不易消化的食物，容易导致消化不良。食物在胃肠道内停留时间过长，发酵产生异味，可通过食管反流至口腔，引起清晨口苦口臭。不同年龄人群均可发生，儿童若晚餐过量或进食油腻食物，可能出现消化不良进而导致清晨口苦口臭；成年人工作压力大、饮食不规律等也易引发消化不良相关的口苦口臭。
胃食管反流病：夜间平卧时，胃酸等胃内容物容易反流至食管，甚至反流至口腔，刺激口腔黏膜，导致口苦口臭。胃食管反流病在各个年龄层都有发生，老年人由于食管下括约肌功能减退等原因，发病率相对较高；肥胖人群、孕期女性等也易出现胃食管反流情况，从而可能引起清晨口苦口臭。
呼吸系统因素
鼻窦炎：鼻窦内的分泌物若引流不畅，滋生细菌，可产生脓性分泌物，这些分泌物可能倒流至咽部，从而引起口苦口臭。鼻窦炎可发生于不同年龄人群，儿童鼻窦发育尚未完善，易患鼻窦炎；成年人若患有慢性鼻窦炎，也可能出现清晨口苦口臭症状。
扁桃体结石：扁桃体隐窝内长期积存的食物残渣、细菌、死细胞等形成结石，可引起口臭，尤其在清晨时更为明显。扁桃体结石多见于成年人，儿童扁桃体相对不发达，发生结石的情况较少。
全身性疾病因素
糖尿病：糖尿病患者血糖控制不佳时，体内酮体生成增加，可出现酮症酸中毒，患者口腔中可呼出丙酮味，表现为口苦口臭。糖尿病在各个年龄段均可发病，尤其是中老年人多见，但近年来年轻人患糖尿病的数量也在增加，不同年龄段的糖尿病患者都可能因病情控制不佳出现清晨口苦口臭。
肝胆疾病：
胆囊炎：胆囊炎发作时，胆汁分泌、排泄异常，可导致口苦，同时伴有口臭。胆囊炎多见于成年人，尤其是肥胖、多次妊娠的女性等。
肝炎：肝炎患者肝功能受损，影响胆汁的代谢等功能，也可能出现口苦口臭的症状。各年龄段均可患肝炎，不同类型肝炎发病年龄有所差异，例如甲型肝炎多见于儿童和青少年，乙型肝炎在各个年龄段都可能感染发病。
其他因素
药物因素：某些药物服用后可能导致口苦口臭的副作用，如一些抗生素、抗高血压药物等。不同药物对不同人群的影响不同，老年人由于同时服用多种药物的概率相对较高，更需关注药物可能引起的口苦口臭副作用。
不良生活方式：长期吸烟的人，烟草中的尼古丁等成分会残留在口腔中，且吸烟会影响口腔的正常生理环境，导致口苦口臭；长期酗酒的人，酒精会刺激口腔和胃肠道，也容易出现清晨口苦口臭。不同年龄、性别人群都可能因这些不良生活方式出现该问题，例如男性中吸烟、酗酒的比例相对较高，受其影响出现清晨口苦口臭的情况可能相对较多。
