阴茎小的因素包括先天性的阴茎发育异常相关基因影响、内分泌因素致发育不良，后天性的肥胖、外伤或手术、疾病因素，还有青春期发育及心理因素影响，先天性因素中基因突变或异常表达、雄激素缺乏、垂体疾病可致阴茎小，后天性肥胖致雄激素转化及内分泌紊乱、外伤手术操作不当或恢复不佳、阴茎及全身性疾病影响，青春期不良生活习惯、营养不良及长期心理压力焦虑等通过相应机制影响阴茎发育致小。
一、先天性因素
1.阴茎发育异常相关基因影响：
某些与阴茎发育相关的基因发生突变或异常表达可能导致阴茎小。例如，相关研究发现，特定的生长因子基因在阴茎发育过程中起着关键作用，如果这些基因出现问题，会影响阴茎海绵体等结构的正常生长发育。从分子水平来看，基因的突变可能干扰了细胞的增殖、分化等过程，使得阴茎在胚胎发育时期就未能达到正常的大小。
在性别分化相关基因方面，如果相关基因出现异常，也可能导致阴茎发育异常。比如，与雄激素受体相关的基因异常，会影响雄激素对阴茎发育的调控作用，进而导致阴茎小。
2.内分泌因素导致的阴茎发育不良：
雄激素缺乏是常见原因之一。雄激素在胎儿期和青春期对阴茎的发育起着重要作用。在胎儿期，睾丸分泌的雄激素促进阴茎海绵体等组织的分化和生长；在青春期，雄激素刺激阴茎的进一步发育增大。如果存在先天性雄激素分泌不足，如先天性睾丸发育不全等疾病，会使阴茎在胚胎期发育时就受到影响，导致阴茎小。例如，克兰费尔特综合征患者，由于睾丸生精功能障碍且雄激素分泌减少，常常伴有阴茎小的表现。
垂体疾病也可能影响雄激素的分泌从而影响阴茎发育。垂体是内分泌系统中的重要腺体，它分泌促性腺激素等调节性腺的功能。如果垂体发生病变，如垂体瘤等，会导致促性腺激素分泌减少，进而影响睾丸雄激素的分泌，引起阴茎小。
二、后天性因素
1.肥胖因素：
肥胖可能通过多种机制导致阴茎小。肥胖患者体内脂肪组织增多，脂肪会将雄激素芳香化转化为雌激素，使得体内雄激素水平相对降低。同时，肥胖相关的内分泌紊乱可能影响下丘脑-垂体-性腺轴的正常功能。例如，有研究发现，肥胖男性中雌激素水平升高，雄激素水平降低，这种激素失衡会影响阴茎的正常发育和维持。而且，肥胖患者往往会有耻骨前脂肪堆积，从外观上看会显得阴茎相对短小。
另外，肥胖可能伴随代谢综合征等疾病，这些疾病本身也可能对生殖系统产生不良影响，间接导致阴茎小的情况。
2.外伤或手术因素：
阴茎外伤如果严重损伤了阴茎海绵体等重要结构，可能影响阴茎的正常发育和勃起功能，进而导致阴茎小。例如，严重的阴茎海绵体白膜破裂等外伤，如果没有得到及时正确的治疗，可能会影响阴茎的生长和形态。
某些阴茎相关的手术，如阴茎重建手术等，如果手术操作不当或者术后恢复不佳，也可能导致阴茎小。例如，在一些先天性阴茎畸形的手术矫正过程中，如果手术设计不合理或者手术技术不过关，可能会影响阴茎最终的发育和形态，导致阴茎小。
3.疾病因素：
阴茎本身的疾病，如阴茎硬结症等，可能影响阴茎的正常结构和功能。阴茎硬结症会导致阴茎海绵体白膜出现纤维硬结，影响阴茎的勃起和伸展，长期可能会影响阴茎的发育，导致阴茎小。
一些全身性疾病也可能影响阴茎发育，如糖尿病。糖尿病患者长期高血糖状态会影响血管和神经的功能，阴茎海绵体的血管和神经受到影响后，会影响阴茎的正常勃起和发育，长期下来可能导致阴茎小。而且，糖尿病患者的代谢紊乱等因素也可能间接影响生殖系统的激素调节和组织发育。
三、其他因素
1.青春期发育影响：
青春期是阴茎发育的重要时期，如果在青春期有不良的生活习惯等，可能影响阴茎发育。例如，青春期过度手淫，如果过度频繁，可能会对阴茎的正常发育产生一定影响，但这种影响的机制还不完全明确，可能与局部组织的过度刺激、激素水平的短暂波动等有关。不过目前也有研究认为适度的手淫一般不会直接导致阴茎小，但如果过度可能会有一定干扰。
青春期营养状况也很重要。如果青春期营养不良，缺乏蛋白质、维生素等营养物质，会影响身体的整体发育，包括阴茎的发育。因为阴茎的发育需要充足的营养物质来支持细胞的增殖、分化等过程，缺乏营养会使阴茎发育受到限制，导致阴茎小。
2.心理因素影响：
长期的心理压力、焦虑等情绪可能通过神经内分泌系统影响阴茎的发育和功能。例如，长期处于紧张焦虑状态下的个体，下丘脑-垂体-性腺轴的功能可能受到抑制，导致雄激素分泌减少，进而影响阴茎的正常发育。不过心理因素更多是作为一种辅助因素影响阴茎小的情况，往往是在其他因素基础上起作用。
