巧克力囊肿在一定程度上会增加怀孕的难度，但并非绝对很难怀孕。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种常见表现，是异位的子宫内膜在卵巢内生长，随着月经周期反复出血，形成囊肿。巧克力囊肿可能会从多个方面影响怀孕，一方面，它会破坏卵巢组织，影响卵巢的正常功能，导致排卵障碍，使卵子无法正常排出，从而降低受孕几率。
另一方面，囊肿可能会引起盆腔粘连，影响输卵管的功能，使输卵管扭曲、堵塞，阻碍精子和卵子的相遇以及受精卵的运输，导致不孕或异位妊娠。
然而，并非所有患有巧克力囊肿的女性都不能怀孕，如果囊肿较小，对卵巢和输卵管的影响较小，且及时进行治疗，如药物治疗或手术治疗，恢复卵巢和输卵管的正常功能，仍然有自然怀孕的可能。
此外，对于有生育需求的女性，医生会根据具体情况制定个性化的治疗方案，提高怀孕的机会。
