川崎病病因未完全明确，普遍认为与多种因素相互作用引发异常免疫反应有关，涉及感染因素（病毒、细菌感染被推测可能触发免疫反应但无确凿证据）、免疫因素（异常免疫激活致炎症介质释放引发血管炎症，有遗传易感性）、其他因素（环境因素影响及个体差异与发病有关）。
病毒感染：多种病毒被推测可能与川崎病的发病相关，例如逆转录病毒、腺病毒、丙型肝炎病毒等。有研究发现，在川崎病患儿体内可检测到某些病毒的相关核酸序列或抗体水平的变化，但目前尚未能明确某一种病毒是川崎病的直接致病原，只是提示病毒感染可能是触发机体免疫反应的一个诱因。从年龄角度来看，各年龄段儿童都可能发病，但婴幼儿相对更易受到病毒感染的影响从而增加患病风险，不过这一关联还需要更多深入研究来确切阐明病毒感染在川崎病发病中具体的作用机制。
细菌感染：链球菌、葡萄球菌等细菌感染也被关注。有学者观察到川崎病患儿发病前可能有过细菌感染的经历，但同样目前没有确凿证据表明细菌是直接的致病因子，更多的是考虑细菌感染可能通过刺激机体免疫系统，使得免疫系统出现异常激活，进而参与到川崎病的病理过程中。对于有细菌感染病史或者处于容易发生细菌感染环境中的儿童，需要密切关注其健康状况，因为这可能与川崎病的发生存在一定关联，但具体机制仍待进一步探究。
免疫因素
异常免疫激活：机体免疫系统在川崎病的发病中起到关键作用。患儿体内的T淋巴细胞、B淋巴细胞等免疫细胞会出现异常活化，导致多种细胞因子和炎症介质大量释放，例如白细胞介素-1、白细胞介素-6、肿瘤坏死因子等。这些炎症介质会引起全身血管的炎症反应，累及全身中小动脉，尤其是冠状动脉，导致血管内皮损伤、血管扩张、血栓形成等一系列病理改变。从性别角度来看，目前并没有明确发现男女在川崎病发病因免疫因素方面存在显著差异，但在疾病的临床表现和预后等方面可能会有一些细微差别，不过这主要还是与疾病本身的病理生理过程相关，而非免疫激活机制上的性别特异性差异。
遗传易感性：研究发现川崎病具有一定的遗传易感性。某些遗传基因的突变或多态性可能会影响机体的免疫反应和对病原体的易感性，使得携带相关基因变异的个体更容易发生川崎病。例如，有研究发现人类白细胞抗原（HLA）基因位点与川崎病的发病存在关联，不同HLA基因型的个体患川崎病的风险不同。在有川崎病家族史的人群中，后代患病的风险相对较高，这提示遗传因素在川崎病的发病中起到一定作用，但遗传因素并不是单独致病的，而是与环境等其他因素共同作用才导致疾病的发生。对于有川崎病家族史的儿童，虽然遗传因素增加了患病风险，但也不必过度恐慌，在日常生活中注意密切观察儿童的健康状况，一旦出现疑似川崎病的症状，要及时就医检查。
其他因素
环境因素：包括地理环境、生活环境等。不同地区川崎病的发病率有所差异，提示地理环境可能对发病有影响。例如，某些地区的气候、水质、空气污染等因素可能会通过影响人体的免疫系统或直接作用于机体而与川崎病的发生相关。在生活环境方面，长期处于污染严重的环境、接触某些化学物质等可能会增加儿童患川崎病的风险。对于生活在不同环境中的儿童，需要关注所处环境的相关因素，尽量为儿童创造一个相对健康、安全的生活环境，降低可能由环境因素带来的患病风险。
个体差异：不同个体之间存在的生理、代谢等方面的差异也可能与川崎病的发病有关。例如，儿童的自身代谢功能、营养状况等不同，可能会影响机体对感染等因素的反应，从而影响川崎病的发病。营养状况良好的儿童相对来说机体免疫力可能更强，在面对相同的致病因素时，患病风险可能相对较低；而营养状况不佳的儿童，机体免疫力可能受到影响，更容易受到各种因素的侵袭，增加患病几率。因此，保证儿童良好的营养状况对于降低川崎病等疾病的发病风险具有重要意义，家长应注意为儿童提供均衡的饮食，确保其获得充足的营养。
