甲减可累及多个系统，在心血管系统易致冠心病等疾病；神经系统出现认知功能障碍、周围神经病变；消化系统有消化功能减退等表现；内分泌及代谢系统可引发垂体病变、血脂异常相关疾病；生殖系统影响女性月经及男性生殖功能；呼吸系统导致呼吸浅慢等问题。
神经系统疾病
认知功能障碍
甲减会对神经系统产生多方面影响，尤其在认知功能方面。甲状腺激素对大脑的发育、成熟以及正常功能维持至关重要，甲减患者常出现记忆力减退、注意力不集中、反应迟钝等认知功能障碍表现。有研究发现，甲减患者在执行功能、语言记忆等认知领域的表现明显差于正常人群。儿童甲减若未及时治疗，会严重影响大脑的发育，导致智力发育迟缓、学习能力下降等；成年甲减患者长期未纠正甲状腺功能，也会逐渐出现认知功能的进行性减退，影响日常生活和工作能力。
周围神经病变
部分甲减患者会出现周围神经病变，表现为手足麻木、刺痛、感觉异常等。其发生机制可能与甲状腺激素缺乏导致神经髓鞘代谢异常、神经传导速度减慢等有关。在不同年龄段的甲减患者中，周围神经病变的表现可能有所不同，儿童甲减患者周围神经病变相对较少见，但一旦出现也会影响其肢体的感觉和运动功能；老年甲减患者由于本身神经功能有一定退化，周围神经病变可能会更明显，影响生活质量。
消化系统疾病
甲减会使胃肠蠕动减慢，导致消化功能减退，患者常出现食欲减退、腹胀、便秘等症状。长期的消化功能紊乱还可能影响营养物质的吸收，进一步加重患者的营养不良状况。儿童甲减患者消化系统的这些改变会影响营养的摄入和吸收，从而影响生长发育；老年甲减患者本身胃肠功能就相对较弱，甲减导致的胃肠蠕动减慢等问题会更加突出，可能会出现严重的便秘等情况，甚至引发肠梗阻等严重并发症。
内分泌及代谢系统其他疾病
垂体病变
长期原发性甲减患者，由于甲状腺激素对垂体促甲状腺激素（TSH）分泌的负反馈调节减弱，垂体TSH细胞会呈代偿性增生，导致垂体增大，称为甲减性垂体肿大。少数患者可能会出现垂体瘤样改变，但一般为良性。对于不同年龄的甲减患者，垂体病变的发生和表现有所差异。儿童甲减患者如果是先天性甲减，长期TSH分泌异常可能会影响垂体的正常发育和功能；成年甲减患者垂体肿大等病变在甲状腺激素替代治疗后部分可有所改善，但也有部分可能难以完全恢复正常。
血脂异常相关疾病
如前所述，甲减引起血脂代谢紊乱，除了增加心血管疾病风险外，还可能与脂肪肝等疾病相关。甲减患者体内脂质代谢异常，过多的脂质沉积在肝脏可能导致脂肪肝的发生。儿童甲减患者如果合并血脂异常，脂肪肝的发生风险也会增加，影响肝脏的正常功能；老年甲减患者本身肝脏代谢功能有所下降，甲减导致的血脂异常更容易引发脂肪肝等肝脏疾病。
生殖系统疾病
女性生殖系统
女性甲减患者常出现月经紊乱，表现为月经量增多、经期延长或闭经等。甲状腺激素对女性生殖内分泌系统有着重要调节作用，甲减会干扰下丘脑-垂体-卵巢轴的正常功能。儿童甲减患者由于处于生长发育阶段，生殖系统尚未发育成熟，甲减对其生殖系统的影响主要是在成年后可能出现月经不调等问题；成年女性甲减患者如果未得到及时治疗，会影响生育功能，增加不孕、流产、早产等风险，怀孕后还可能出现妊娠期高血压疾病等并发症的发生率增加。
男性生殖系统
男性甲减患者可能出现性欲减退、阳痿、精子质量下降等生殖系统异常表现。甲状腺激素缺乏会影响男性体内的内分泌平衡，进而影响生殖功能。儿童甲减患者在成年后男性生殖系统可能出现上述相应问题；老年男性甲减患者生殖系统的这些异常也会较为明显，影响生活质量和性生活满意度。
呼吸系统疾病
甲减患者由于代谢率降低，呼吸肌功能可能受到影响，导致呼吸浅慢。严重甲减患者可能出现睡眠呼吸暂停综合征，主要是因为甲状腺激素缺乏导致上气道肌肉张力下降等因素引起。儿童甲减患者呼吸系统的这些改变相对不突出，但如果病情较重，也可能影响呼吸功能；老年甲减患者本身呼吸功能有所下降，甲减导致的呼吸浅慢等问题可能会加重呼吸困难等症状，增加肺部感染等呼吸系统并发症的发生风险。
