附件囊肿分为生理性和病理性，生理性包括卵泡囊肿（因卵泡未破裂排卵持续生长形成，与年轻女性偶尔内分泌波动等有关）和黄体囊肿（因黄体血肿吸收不良形成，与育龄女性黄体期激素平衡受作息不规律等影响有关）；病理性包括子宫内膜异位囊肿（种植学说相关，有宫腔操作史女性风险增加，免疫因素相关，自身免疫异常时异位内膜易生长）、浆液性囊腺瘤（上皮来源异常，长期炎症刺激是诱因，部分与遗传因素有关）、黏液性囊腺瘤（上皮细胞分泌异常，内分泌失调等可致，良性肿瘤发展中也可转化）。
一、生理性附件囊肿的形成
（一）卵泡囊肿
女性每个月经周期都会有卵泡发育，一般优势卵泡会排卵，若卵泡没有破裂排卵，持续生长就可能形成卵泡囊肿。正常情况下，卵泡发育到一定大小后会破裂释放卵子，若这个过程出现异常，卵泡持续存在并潴留液体就形成卵泡囊肿，其发生与正常的卵泡发育排卵过程中的偶然异常有关，年轻女性相对更易出现这种因卵泡发育排卵障碍导致的生理性附件囊肿，与生活方式中偶尔的内分泌波动等因素相关，比如短期的精神压力变化可能影响内分泌，进而影响卵泡的正常排卵过程。
（二）黄体囊肿
排卵后卵泡壁会形成黄体，若黄体血肿吸收不良，液体潴留就会形成黄体囊肿。正常黄体是排卵后形成的暂时性内分泌结构，一般会在月经周期后期逐渐萎缩消失，若黄体形成后出现血肿且液体不能及时吸收，就会形成黄体囊肿，育龄期女性在月经周期相关阶段都可能发生，其形成与黄体期的正常生理变化过程中可能出现的吸收异常有关，生活方式中的作息不规律等可能影响黄体期的激素平衡，增加黄体囊肿形成风险。
二、病理性附件囊肿的形成
（一）子宫内膜异位囊肿（巧囊）
1.种植学说相关：子宫内膜组织异位到卵巢上，随着月经周期发生出血，反复出血后在卵巢内形成囊肿，囊肿内容物类似巧克力样糊状。这种异位的子宫内膜组织可能是通过经血逆流等途径种植到卵巢，有过宫腔操作史（如人工流产等）的女性，经血逆流种植的风险可能增加，因为宫腔操作可能影响子宫腔的正常生理状态，导致经血逆流更容易发生，从而增加子宫内膜异位到附件部位形成囊肿的几率，育龄女性尤其是有过宫腔手术史的人群需注意相关风险。
2.免疫因素相关：自身免疫系统异常时，可能不能有效识别和清除异位的子宫内膜组织，使得异位的内膜组织持续生长形成囊肿。自身免疫功能受多种因素影响，比如长期的慢性疾病、不良的生活习惯导致免疫力下降等情况，都可能参与子宫内膜异位囊肿的形成过程，年龄上没有严格的特定范围，但育龄女性相对更易因自身免疫等因素出现这种情况。
（二）浆液性囊腺瘤
1.上皮来源异常：卵巢表面的生发上皮异常增生形成浆液性囊腺瘤。生发上皮具有多向分化潜能，在某些致病因素作用下，可能出现异常增殖形成囊性肿物。长期的炎症刺激可能是一个诱因，慢性的盆腔炎症等可能持续刺激卵巢生发上皮，导致其异常增殖，从而增加浆液性囊腺瘤形成的可能性，各个年龄段女性都可能发生，但有盆腔炎症病史的女性风险相对较高。
2.遗传因素相关：部分浆液性囊腺瘤的发生与遗传因素有关，某些基因的突变可能增加发病风险。如果家族中有相关遗传病史，个体患浆液性囊腺瘤的风险可能高于普通人群，需要关注家族病史情况，对于有家族遗传倾向的人群，更要定期进行妇科检查以便早期发现病变。
（三）黏液性囊腺瘤
1.上皮细胞分泌异常：卵巢黏液性上皮细胞过度分泌黏液，积聚形成黏液性囊腺瘤。上皮细胞的分泌功能受体内激素等多种因素调节，当分泌调节机制出现紊乱时，就可能导致黏液过度分泌并积聚形成囊肿。内分泌失调等情况可能影响上皮细胞的分泌功能，比如长期服用某些影响内分泌的药物等可能增加发病风险，不同年龄女性都可能受此影响，有内分泌相关疾病史或长期服用特定药物的人群需留意。
2.其他因素：卵巢的良性肿瘤如浆液性囊腺瘤等在发展过程中也可能发生病理改变转化为黏液性囊腺瘤，这与肿瘤自身的生物学行为变化有关，其形成过程较为复杂，涉及多种细胞及分子水平的变化，目前认为是多种因素综合作用的结果，包括细胞的增殖、凋亡失衡等情况。
