子宫内膜异位症的病因包括遗传因素（家族聚集性及基因影响）、经血逆流与种植学说（经期经血逆流种植）、免疫调节异常（免疫系统对异位组织识别清除减弱及细胞因子失衡）、炎症因素（盆腔炎症刺激促进异位种植）、体腔上皮化生学说（体腔上皮受刺激化生）及其他因素（年龄、生活方式、宫腔操作史影响）。
一、遗传因素
子宫内膜异位症具有一定的家族聚集性，遗传因素在其发病中起到重要作用。研究发现，如果一级亲属（如母亲、姐妹）患有子宫内膜异位症，那么女性患该病的风险会显著增加。某些基因的突变或多态性可能影响子宫内膜细胞的黏附、侵袭等生物学行为，使得子宫内膜组织更容易异位生长。例如，与细胞黏附相关的基因发生变异时，子宫内膜细胞从宫腔向盆腔等部位异位种植的能力可能增强。
二、经血逆流与种植学说
女性在月经期间，经血可能会通过输卵管逆流进入盆腔。子宫内膜组织碎片随经血逆流至盆腔后，有可能种植在盆腔腹膜、卵巢等部位，并在此处生长、增殖，逐渐形成子宫内膜异位病灶。这种情况在青春期女性中相对常见，因为青春期女性的经血逆流现象可能更为频繁。而且，若存在生殖道畸形等情况导致经血排出不畅时，经血逆流的程度会加重，进一步增加子宫内膜异位症的发病风险。
三、免疫调节异常
人体的免疫系统在维持盆腔内环境稳定方面起着重要作用。在子宫内膜异位症患者中，存在免疫调节异常的情况。例如，免疫系统对异位种植的子宫内膜组织的识别和清除功能减弱，使得异位的子宫内膜组织能够逃避免疫系统的攻击而存活、生长。具体来说，自然杀伤细胞（NK细胞）的活性降低，NK细胞是机体免疫系统的重要组成部分，具有杀伤肿瘤细胞和病毒感染细胞等功能，其活性降低会影响对异位子宫内膜组织的清除能力；另外，细胞因子的平衡失调也参与其中，如白细胞介素-1、白细胞介素-6等细胞因子的异常分泌，改变了盆腔局部的微环境，有利于子宫内膜组织的异位种植和生长。
四、炎症因素
盆腔炎症与子宫内膜异位症的发生发展密切相关。盆腔的慢性炎症刺激可能导致盆腔内环境改变，促进子宫内膜组织的异位种植。炎症过程中释放的一些炎症介质，如前列腺素、肿瘤坏死因子-α等，会影响盆腔腹膜的通透性和子宫内膜细胞的黏附性等，使得子宫内膜组织更容易在盆腔内定植。此外，炎症还可能激活一些信号通路，促进异位子宫内膜组织的增殖和血管生成，从而推动子宫内膜异位症病变的进展。
五、体腔上皮化生学说
盆腔腹膜、卵巢表面等部位的体腔上皮在某些因素刺激下可能化生为子宫内膜样组织。例如，持续的激素刺激、炎症刺激等可能诱导体腔上皮发生化生，转化为具有增殖、分泌等功能的子宫内膜样细胞，这些化生的细胞如果异位种植到合适的部位，就可能发展为子宫内膜异位病灶。不过，这一学说相对其他学说的证据相对较少，但也是子宫内膜异位症病因研究中的一个方面。
六、其他因素
年龄方面，子宫内膜异位症多发生于生育年龄女性，青春期前较少发病，绝经后异位病灶可逐渐萎缩退化，这与女性在生育年龄体内的激素水平变化密切相关，尤其是雌激素水平的波动影响子宫内膜的生长和异位种植等过程。生活方式方面，长期的精神压力过大可能通过影响神经-内分泌-免疫调节网络，间接影响子宫内膜异位症的发病。有研究发现，精神压力大的女性体内激素调节紊乱，免疫功能可能受到一定影响，从而增加子宫内膜异位症的发病风险。另外，既往有宫腔操作史，如人工流产、剖宫产等，也可能增加子宫内膜异位症的发病几率，因为宫腔操作可能导致子宫内膜组织通过手术创面等途径异位到盆腔其他部位。
