消化系统疾病包括胃肠道疾病（如慢性胃炎、消化性溃疡、胃食管反流病）和肝胆胰疾病（如慢性胆囊炎、慢性胰腺炎），全身性疾病包括内分泌及代谢性疾病（如甲状腺功能减退症、糖尿病）和其他全身性疾病（如尿毒症），这些疾病都会引发消化不良等症状，且与多种因素相关，不同疾病有不同发病特点及相关影响因素。
慢性胃炎：胃黏膜的慢性炎症，可导致胃的消化功能紊乱，引起消化不良症状，如上腹部隐痛、饱胀、食欲不振等。多项研究表明，约50%-80%的慢性胃炎患者存在消化不良相关表现，其发病与幽门螺杆菌感染、自身免疫、长期不良饮食习惯等多种因素有关，不同年龄人群均可发病，中青年较为常见，但老年人也不少见，男性与女性发病无明显差异，长期高盐、辛辣饮食等不良生活方式会增加发病风险。
消化性溃疡：包括胃溃疡和十二指肠溃疡，溃疡影响胃或十二指肠的正常消化功能，患者常出现周期性上腹痛，疼痛性质多样，同时可伴有消化不良症状，如反酸、嗳气、恶心等。研究显示，消化性溃疡患者中消化不良发生率较高，发病与幽门螺杆菌感染、长期服用非甾体抗炎药等有关，各年龄段均可患病，生活不规律、精神压力大等会加重病情。
胃食管反流病：胃内容物反流至食管引起不适症状，除了烧心、反酸等典型症状外，也常伴有消化不良，表现为上腹部饱胀、早饱等。流行病学调查发现，胃食管反流病患者中约30%-50%存在消化不良情况，发病与食管下括约肌功能障碍、食管清除能力降低等因素相关，肥胖、妊娠、吸烟等因素可增加发病几率，各年龄层均有发病可能，肥胖人群发病风险相对较高。
肝胆胰疾病
慢性胆囊炎：胆囊的慢性炎症，可影响胆汁的储存和排放，进而影响脂肪的消化，导致患者出现消化不良，表现为进食油腻食物后上腹部不适、饱胀等。临床统计显示，慢性胆囊炎患者中约有40%-60%存在消化不良症状，发病与胆囊结石、细菌感染等因素有关，女性发病率略高于男性，多见于40岁以上人群，长期高脂饮食会增加患病及消化不良的风险。
慢性胰腺炎：胰腺的慢性炎症，胰腺分泌的消化酶减少，影响食物的消化吸收，患者会出现消化不良，表现为腹痛、腹泻、体重减轻等。研究发现，慢性胰腺炎患者中消化不良发生率较高，约70%-90%的患者存在不同程度的消化不良，发病与长期酗酒、胆道疾病等因素相关，男性发病多于女性，多见于中年男性，长期酗酒是重要的发病诱因。
全身性疾病
内分泌及代谢性疾病
甲状腺功能减退症：甲状腺激素分泌不足，导致机体代谢减缓，消化系统功能也会受到影响，出现消化不良，表现为食欲减退、腹胀、便秘等。临床数据表明，约30%-50%的甲状腺功能减退症患者有消化不良表现，发病与自身免疫、甲状腺手术等因素有关，各年龄均可发病，女性发病率高于男性，患病后代谢减缓会使消化不良症状持续存在。
糖尿病：长期高血糖可影响胃肠道神经功能和胃肠动力，导致消化不良，常见症状有早饱、腹胀、恶心等。糖尿病患者中约有20%-50%存在消化不良情况，发病与血糖控制不佳、自主神经病变等因素相关，各年龄段糖尿病患者均可能出现，病程较长的糖尿病患者发生消化不良的几率更高，高血糖状态持续会加重胃肠功能紊乱。
其他全身性疾病
尿毒症：肾功能衰竭时，体内毒素蓄积，可影响胃肠道功能，引起消化不良，表现为恶心、呕吐、食欲不振等。在尿毒症患者中，消化不良较为常见，约80%以上的患者存在不同程度的消化不良症状，发病与肾脏排泄功能障碍、毒素蓄积等因素有关，各年龄层的尿毒症患者均可出现，需要进行透析等治疗的患者消化不良情况更为突出，毒素蓄积会持续损害胃肠黏膜及功能。
