龟头疼痛的原因包括细菌感染、真菌感染、病毒感染、外伤和过敏反应等。
1.细菌感染
大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等致病菌可引发尿道炎、龟头炎，临床可见龟头红肿、疼痛，部分伴有脓性分泌物，多见于不注意私处卫生或有不洁性行为者，男性各年龄段均可发病，尤其性生活活跃人群风险较高。
2.真菌感染
白色念珠菌等真菌易在潮湿环境滋生，导致龟头真菌感染，表现为龟头瘙痒、疼痛、出现白色乳酪样分泌物，糖尿病患者因血糖控制不佳、长期使用广谱抗生素者更易罹患。
3.病毒感染
单纯疱疹病毒感染可引起龟头部位水疱、溃疡，伴明显疼痛，具有传染性，通过性接触传播，免疫力低下人群发病风险增加。
4.外伤
性生活中过于粗暴、外力撞击等可致龟头局部损伤，出现疼痛，儿童若有不当外力作用也可能引发，需关注外伤史及受伤程度。
5.过敏反应
对避孕套材质、洗涤剂、某些药物等过敏，可出现龟头红肿、瘙痒、疼痛，有明确过敏原接触史者需警惕，女性伴侣使用相关产品也可能间接导致男性过敏。
如果本身存在包皮过长或包茎的现象，就会导致包皮垢易堆积，刺激龟头引发炎症性疼痛，包茎者因包皮口狭窄影响局部清洁，更易反复出现龟头疼痛，儿童期包皮过长可能随生长发育改善，但部分需手术干预。
