临床上不存在去除灰指甲的最佳方法的详细说明，但可以通过口服抗真菌药物、外用抗真菌制剂、手术拔甲、激光治疗等方法解决。
1、口服抗真菌药物
口服抗真菌药物是治疗灰指甲的重要方式，如伊曲康唑等，临床研究证实其能通过血液循环作用于甲床与甲板，抑制真菌生长繁殖，对多种甲真菌病具治疗效果。
2、外用抗真菌制剂
外用抗真菌搽剂像阿莫罗芬搽剂，经多项临床验证，可在甲板表面形成药物膜，持续释放药物以抑制真菌，使用时需按疗程坚持涂抹，能改善灰指甲症状，但对病情严重者单独外用可能效果有限。
3、手术拔甲
针对病甲范围大、病情严重的患者，手术拔甲是一种方法，不过手术会给患者带来创伤，术后需注重伤口护理以防感染，恢复期间要避免影响伤口愈合的行为，同时需考量患者自身恢复能力等情况。
4、激光治疗
激光治疗利用特定波长激光的热效应等破坏真菌及受感染组织，临床研究显示其对部分灰指甲患者有一定疗效，具相对微创特点，但不同患者对激光治疗反应存差异，治疗次数等需依个体病情确定。
不仅如此，儿童因肝肾功能发育不全，应避免使用口服抗真菌药物，可优先选用外用制剂等相对安全方法；孕妇使用抗真菌药物需谨慎评估，部分药物可能影响胎儿，应在医生指导下选对胎儿影响最小的治疗方式。
