胎停的原因包括胚胎染色体异常（最常见，约占50%-60%，与孕妇年龄增大卵子质量下降等有关）、母体因素（内分泌异常如甲状腺功能异常、糖尿病，免疫功能异常包括自身免疫性疾病和同种免疫异常，子宫异常如解剖结构异常、子宫动脉血流异常，感染因素）、父亲因素（精子染色体异常）、环境因素（化学物质接触、辐射暴露）。
年龄因素影响：随着孕妇年龄的增加，卵子质量下降，染色体发生异常的概率会显著升高。例如，35岁以上的孕妇，胚胎染色体异常的发生率明显高于年轻孕妇。这是因为随着年龄增长，卵子在卵巢内储存时间延长，受到各种外界因素影响导致染色体易发生畸变的可能性增加。
母体因素
内分泌异常
甲状腺功能异常：甲状腺激素对于胚胎的生长发育至关重要。甲状腺功能减退会导致母体代谢率降低，影响胚胎的能量供应和发育环境；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也可能干扰胚胎的正常发育进程，增加胎停的风险。研究表明，甲状腺功能异常的孕妇胎停发生率较甲状腺功能正常的孕妇高。
糖尿病：患有未控制好的糖尿病的孕妇，高血糖环境会影响胚胎的发育。高血糖可通过胎盘进入胎儿体内，导致胎儿高血糖，进而引起胎儿过度生长、器官发育异常等，增加胎停的可能性。尤其是孕前就患有糖尿病且血糖控制不佳的孕妇，胎停风险更高。
免疫功能异常
自身免疫性疾病：如系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病，母体的免疫系统会错误地攻击胚胎，导致胚胎着床和发育受到影响，引发胎停。这是因为自身免疫性疾病患者体内存在自身抗体，这些抗体可以通过多种途径破坏胚胎的正常结构和功能。
同种免疫异常：母体对胚胎的免疫耐受不足，导致母体免疫系统攻击胚胎。例如，母胎界面的免疫调节失衡，使得自然杀伤细胞等免疫细胞对胚胎产生杀伤作用，从而引起胎停。
子宫异常
解剖结构异常：子宫畸形，如单角子宫、双角子宫等，会影响胚胎的着床和发育空间。子宫黏膜下肌瘤可占据宫腔内空间，影响胚胎的种植和生长；宫腔粘连会改变子宫内环境，不利于胚胎的发育，这些情况都可能导致胎停。
子宫动脉血流异常：子宫动脉血流供应不足会使胚胎得不到充足的营养和氧气供应，从而影响胚胎的正常发育，增加胎停的发生几率。例如，子宫动脉痉挛、狭窄等情况都可能导致子宫动脉血流异常。
感染因素：孕期受到某些病原体感染，如弓形虫、风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等。这些病原体可通过胎盘感染胎儿，影响胎儿的正常发育，导致胎停。例如，孕妇在孕早期感染风疹病毒，约有10%-30%的胎儿会发生严重的先天性畸形，甚至胎停。
父亲因素
精子染色体异常：父亲的精子染色体发生异常也可能导致胎停。男性精子在生成过程中，如果受到不良因素影响，如长期接触放射性物质、化学毒物、吸烟、酗酒等，可能导致精子染色体数目或结构异常。当这样的精子与卵子结合形成胚胎后，就容易出现胎停的情况。研究发现，精子染色体异常的男性，其配偶发生胎停的风险较正常男性配偶更高。
环境因素
化学物质接触：孕妇长期接触某些化学物质，如苯、甲醛、农药等。这些化学物质可以通过呼吸道、皮肤等途径进入母体，然后影响胚胎的发育。例如，长期在新装修且甲醛超标的环境中工作或生活的孕妇，胚胎受到甲醛的影响，发生胎停的概率会增加。
辐射暴露：过量的辐射暴露，如孕妇接受过较大剂量的X线检查、长期处于辐射污染环境中（如核电站附近）等。辐射可以导致胚胎细胞的DNA损伤，影响胚胎的正常分裂和分化，从而引发胎停。
