咽喉囊肿的成因包括先天性因素和后天性因素。先天性因素有胚胎发育时期鳃裂囊肿相关（鳃裂组织剩余囊性变）和甲状舌管囊肿相关（甲状舌管退化不全）；后天性因素包括炎症刺激（慢性炎症反复刺激、感染因素）、创伤因素（外伤导致）及其他因素（黏液腺管阻塞）。
一、先天性因素
（一）鳃裂囊肿相关
1.胚胎发育时期因素
在胚胎发育的第3-4周时，鳃弓和鳃裂开始形成，正常情况下鳃裂会逐渐退化消失。但如果鳃裂组织剩余并发生囊性变，就可能形成咽喉部位的鳃裂囊肿。例如，第一鳃裂来源的囊肿可能位于下颌角后下方、胸锁乳突肌上1/3前缘等部位，第二鳃裂来源的囊肿多位于颈上部，尤其常见于胸锁乳突肌前缘中1/3与上1/3交界处，但也有部分会向上延伸至咽喉部位。这种先天性的胚胎发育异常是咽喉囊肿的一个重要原因，与个体的胚胎发育过程中的基因表达、环境等多种因素相关，在胚胎形成早期的一些不利因素都可能影响鳃裂的正常退化，从而导致囊肿形成。
（二）甲状舌管囊肿相关
1.甲状舌管发育异常
甲状舌管在胚胎发育过程中是连接甲状腺始基和舌盲孔的结构，正常情况下在胎儿发育到第6周左右时逐渐退化消失。如果甲状舌管退化不全，残留的上皮细胞增殖并分泌物积聚，就会形成甲状舌管囊肿。部分甲状舌管囊肿可向上延伸至咽喉部位，这是因为甲状舌管的走行途径经过颈部，其残留组织可能出现在咽喉区域相关部位。这种先天性的甲状舌管发育异常与胚胎时期甲状腺的正常发育过程密切相关，是咽喉囊肿先天性因素中的另一类情况。
二、后天性因素
（一）炎症刺激相关
1.慢性炎症反复刺激
咽喉部位长期受到慢性炎症的刺激，例如慢性咽炎、慢性喉炎等。炎症会导致咽喉部的黏膜组织发生一系列病理改变，局部的腺体、结缔组织等在炎症因子的作用下，可能出现腺管阻塞，分泌物潴留。以慢性咽炎为例，长期的炎症使得咽喉部黏膜充血、水肿，淋巴细胞浸润，局部的黏液腺分泌功能紊乱，如果腺管受到炎症影响发生狭窄或阻塞，就容易形成囊肿。这种情况在长期吸烟、饮酒、生活在污染环境中或者有反复上呼吸道感染病史的人群中更为常见。长期的炎症刺激持续作用于咽喉组织，使得组织修复过程中出现异常的组织增生和分泌物潴留，最终导致囊肿形成。
2.感染因素
细菌、病毒等病原体感染咽喉部位也可能引发囊肿。例如，病毒感染引起的咽喉部炎症，在恢复过程中可能导致局部组织的腺管受损。像EB病毒感染引起的传染性单核细胞增多症，可能累及咽喉部，在疾病恢复后，局部组织的腺管可能出现阻塞情况。细菌感染如链球菌感染引起的咽喉部化脓性炎症，炎症消退后可能遗留腺管的病变，导致分泌物潴留形成囊肿。感染因素导致的咽喉囊肿在儿童群体中也较为常见，儿童免疫系统相对不完善，更容易受到病原体的侵袭，而且感染后组织的修复和恢复过程中如果出现异常，就容易引发囊肿。
（二）创伤因素
1.外伤导致
咽喉部位受到外伤，如异物刺伤、器械检查损伤等。例如，在进行喉镜检查等医疗操作时，如果操作不当可能会损伤咽喉部的黏膜及腺体组织。异物刺伤咽喉部，无论是外界的异物还是医源性的器械损伤，都可能导致局部组织的损伤，引起组织的修复反应。损伤部位的组织在修复过程中，如果腺管受到破坏，就可能出现分泌物潴留。这种创伤因素导致的咽喉囊肿在有咽喉部操作史或者咽喉部有外伤经历的人群中发生。对于儿童来说，玩耍时误吞异物等情况也可能导致咽喉部的创伤，进而引发囊肿，所以儿童在日常生活中需要特别注意避免咽喉部的外伤。
（三）其他因素
1.黏液腺管阻塞
除了炎症、感染等因素导致的腺管阻塞外，一些其他原因也可能引起咽喉部黏液腺管的阻塞。例如，咽喉部的良性肿瘤、息肉等病变可能压迫周围的黏液腺管，导致腺管阻塞，分泌物无法正常排出，从而形成囊肿。还有一些先天性的腺管结构异常，虽然不是胚胎发育时期鳃裂或甲状舌管相关的囊肿，但也可能导致黏液腺管阻塞，引起分泌物潴留形成囊肿。这种情况在不同年龄、不同生活方式的人群中都可能发生，生活方式不健康、长期处于不良环境中的人群可能更容易出现腺管阻塞相关的问题，因为不良的生活方式可能影响咽喉部组织的正常代谢和功能。
