扁平疣的治疗方法包括外用药物、内服药物、物理治疗、中医治疗。
1.外用药物
可以使用维A酸类药物，如维A酸乳膏等，维A酸能够调节细胞分化，抑制角质形成细胞的增殖，从而起到治疗扁平疣的作用，有相关研究表明其对部分扁平疣患者有一定疗效。还有5%的咪喹莫特乳膏，它是一种免疫调节剂，通过刺激机体的免疫系统来发挥抗病毒作用，进而帮助消除扁平疣。
2.内服药物
对于难治性扁平疣可使用免疫调节剂，如转移因子口服溶液等，转移因子可以将特异性和非特异性细胞免疫功能转移给受体，以提高免疫功能，辅助治疗扁平疣。
3.物理治疗
冷冻治疗利用低温使疣体组织坏死脱落。医生会用低温的液氮接触疣体，使疣体局部形成冰晶，破坏疣体组织。激光治疗采用激光的高能量烧灼疣体，使其去除。电灼治疗通过电流产生的高温破坏疣体。电灼治疗的效果较直接，但术后也需要关注创面情况，防止感染等并发症，儿童等特殊人群需谨慎选择。
4.中医治疗
根据患者的具体病情辨证论治，例如对于风热蕴结型扁平疣，可选用桑菊饮加减等方剂，通过调理机体的气血、阴阳平衡来达到治疗扁平疣的目的，有中医临床研究显示部分患者通过中药内服后扁平疣有所改善；马齿苋、板蓝根、紫草、大青叶等中药煎水外洗，这些中药具有清热解毒、抗病毒的作用，通过外洗直接作用于疣体部位，帮助消除扁平疣。
