肛瘘是肛管或直肠与肛周皮肤相通的肉芽肿性管道，其主要病因有肛周脓肿（最常见病因，肛管直肠周围脓肿自行破溃或切开引流后易形成肛瘘，不同年龄段、生活方式及有相关病史者易患）、直肠肛门损伤（外伤、异物吞咽或肛门镜检查等致损伤，细菌侵入感染形成肛瘘，不同年龄及有相关病史者易患）、结核杆菌感染（结核杆菌侵犯肛管直肠致结核性肛瘘，有结核病史或接触史、免疫力低者易患）、溃疡性结肠炎（炎症长期刺激肛管直肠致肛瘘，成年人、病情反复者易患）、克罗恩病（累及肛管直肠引发肛瘘，不同年龄段均可发病，不良生活方式可能加重病情致肛瘘发生）。
肛周脓肿：这是肛瘘最常见的病因。肛管直肠周围脓肿自行破溃或切开引流后，脓腔逐渐缩小，腔壁形成结缔组织增生的管壁，即瘘管，从而形成肛瘘。例如，当肛腺感染引发肛周脓肿，若未得到及时有效的治疗，脓肿破溃后就容易发展为肛瘘。不同年龄段人群都可能发生肛周脓肿进而导致肛瘘，男性由于肛腺分泌活跃等因素相对更易患肛周脓肿相关疾病。生活方式方面，长期饮酒、进食大量辛辣刺激性食物的人，肛腺受刺激分泌增加，感染风险升高；有克罗恩病等病史的患者，自身免疫相关的肠道炎症可能影响肛管直肠局部的免疫防御，更容易出现肛周感染，增加肛瘘发生风险。
直肠肛门损伤：外伤、吞咽异物或肛门镜检查等导致直肠肛门损伤，细菌可经损伤处侵入感染，进而形成肛瘘。比如，意外的外力撞击肛门部位造成直肠肛门损伤，若伤口处理不当，细菌入侵就可能引发感染形成肛瘘。不同年龄人群因活动特点不同损伤风险有差异，儿童活泼好动，玩耍时可能发生意外损伤；成年人可能因工作等原因受到外伤。生活方式中，从事特殊职业需要频繁进行肛门镜检查等操作的人群，若操作不规范或术后护理不当，也易引发肛瘘。有直肠肛门手术史等病史的人群，局部组织解剖结构改变，再次感染形成肛瘘的几率增加。
结核杆菌感染：结核杆菌可侵犯肛管直肠，引起结核性肛瘘。这类肛瘘通常病程较长，病情较为隐匿。有结核病史或结核接触史的人群，感染结核杆菌后若累及肛管直肠部位，就可能引发肛瘘。不同年龄段都可能发生，免疫力较低的人群，如老年人、艾滋病患者等，更容易感染结核杆菌而出现相关病变。生活方式上，免疫力低下的人群若接触结核杆菌，感染风险更高；有结核病史的人群病情复发时也可能累及肛管直肠导致肛瘘。
溃疡性结肠炎：炎症长期刺激肛管直肠，可导致肛瘘的发生。患有溃疡性结肠炎的患者，肠道炎症持续存在，会影响肛管直肠局部的组织，使感染的几率增加，进而引发肛瘘。这类患者多为成年人，病情反复的溃疡性结肠炎患者发生肛瘘的风险更高。生活方式中，溃疡性结肠炎患者需要长期关注病情，不规范的治疗或生活不规律等可能加重肠道炎症，增加肛瘘发生可能。有溃疡性结肠炎病史的人群要密切监测肛管直肠情况，预防肛瘘发生。
克罗恩病：是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及肠道各部位，包括肛管直肠，从而引发肛瘘。克罗恩病患者肠道出现炎症性病变，容易导致肛管直肠周围感染形成肛瘘。不同年龄段均可发病，男性和女性发病无明显差异，但病情特点可能因个体差异有所不同。生活方式中，克罗恩病患者的生活方式对病情影响较大，不良的生活方式可能加重肠道炎症，进而增加肛瘘发生风险。有克罗恩病病史的人群需要积极治疗原发病，降低肛瘘发生几率。
