附件囊肿有生理性和病理性等因素，生理性因素包括滤泡囊肿（与正常卵泡发育相关、随月经周期进展可能自行消失）和黄体囊肿（与正常黄体形成过程有关、多数下次月经后可自行消退）；病理性因素有炎症性因素（盆腔炎症蔓延致附件形成炎性囊肿）、子宫内膜异位症相关（异位内膜在附件种植生长形成囊肿）、肿瘤性因素（良性肿瘤如卵巢浆液性等囊腺瘤、恶性肿瘤如卵巢癌等可表现为附件囊肿）；其他因素包括生活方式因素（长期不良生活方式增加风险）、激素因素（体内激素水平异常变化与之密切相关）、遗传因素（某些附件囊肿发生与遗传有关如部分卵巢癌有遗传倾向）。
一、生理性因素
（一）滤泡囊肿
女性每个月经周期都会有卵泡发育，一般卵泡直径不超过1-2厘米，但有时卵泡会持续增大形成滤泡囊肿，这是正常的生理现象，与正常的卵泡发育过程相关，常见于有正常月经周期的女性，一般在月经周期的特定阶段出现，随着月经周期的进展可能会自行消失。
（二）黄体囊肿
在排卵后，卵泡壁会形成黄体。如果黄体持续存在并且腔内有较多的积液，就会形成黄体囊肿。正常女性排卵后都会形成黄体，部分人会出现黄体囊肿，一般与正常的黄体形成过程有关，多发生在有排卵的女性身上，通常在月经后半期可能出现，多数可在下次月经后自行消退。
二、病理性因素
（一）炎症性因素
盆腔的炎症，如输卵管炎、卵巢炎等可能引发附件囊肿。例如输卵管炎症蔓延至卵巢，可导致卵巢周围组织粘连，形成炎性囊肿。常见于有盆腔感染病史的女性，比如既往有不洁性生活史、多次宫腔操作史等导致盆腔感染的情况，炎症长期刺激附件组织，使得组织出现炎性渗出、增生等改变从而形成囊肿。
（二）子宫内膜异位症相关
子宫内膜异位症可累及附件，异位的子宫内膜组织在卵巢等附件部位种植、生长，形成囊肿，称为卵巢子宫内膜异位囊肿（巧克力囊肿）。这种情况在有子宫内膜异位症家族史、月经初潮早、经期过长等情况的女性中较为常见，异位的内膜组织会随着月经周期反复出血，导致囊肿逐渐增大。
（三）肿瘤性因素
1.良性肿瘤：卵巢的浆液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤等良性肿瘤可导致附件囊肿。这类肿瘤的发生可能与卵巢的上皮细胞异常增生有关，具体病因尚不十分明确，但有一定的遗传易感性等因素，部分患者可能没有明显症状，在体检时发现。
2.恶性肿瘤：卵巢的恶性肿瘤，如卵巢癌等也可表现为附件囊肿。其发生与多种因素相关，包括遗传因素（如有卵巢癌家族史）、基因突变等，早期可能没有典型症状，随着病情进展会出现腹胀、腹痛、腹部包块等多种表现。
三、其他因素
（一）生活方式因素
长期的不良生活方式可能会影响内分泌等，从而增加附件囊肿的发生风险。例如长期熬夜、过度劳累会打乱人体的内分泌节律，影响激素的正常分泌和调节；长期精神压力过大也可能通过神经内分泌系统影响卵巢的功能，导致附件囊肿相关的内分泌紊乱，进而引发囊肿。
（二）激素因素
体内激素水平的异常变化与附件囊肿的形成密切相关。例如长期服用某些含有激素的药物，或者患有内分泌疾病导致激素水平失衡，如多囊卵巢综合征患者常伴有激素水平的紊乱，表现为雄激素水平升高、雌激素相对异常等，容易出现附件囊肿。
（三）遗传因素
某些附件囊肿的发生与遗传有关。例如部分卵巢癌具有一定的遗传倾向，如果家族中有卵巢癌等相关肿瘤的病史，那么个体患附件囊肿尤其是恶性附件囊肿的风险可能会增加。
