低位肛瘘与高位肛瘘在症状表现、检查及病程病史等方面存在差异。低位肛瘘疼痛相对轻、性质为间断胀痛隐痛，外口易见、可摸及表浅条索状瘘管；肛门指检易触及低位瘘管，探针易深入，超声可见皮下表浅低回声瘘管，MRI显示瘘管在括约肌浅层以下且炎症局限；低位肛瘘病程中炎症发作局限，不同人群判断均基于相应特征。
一、症状表现方面
（一）疼痛特点
低位肛瘘患者的疼痛相对较有特点，一般在急性发作期会有疼痛，但相对高位肛瘘来说疼痛程度可能相对较轻且性质有差异。低位肛瘘的内口多位于齿状线附近，炎症刺激主要局限在较低位置，疼痛多为间断性的胀痛或隐痛，在排便时由于肛门括约肌的收缩，会刺激到瘘管，疼痛可能会稍有加重，但一般不会像高位肛瘘那样疼痛剧烈且范围广泛。例如一些研究表明，低位肛瘘患者的疼痛视觉模拟评分（VAS）通常相对较低，多在3-5分左右（0分为无痛，10分为极度疼痛），而高位肛瘘患者VAS评分往往更高。
（二）肿块情况
低位肛瘘外口相对容易发现，常在肛门周围皮肤表面，可摸到条索状的瘘管走向，从外口沿着皮下向肛门方向走行，比较表浅。一般通过肛门指检可以触摸到低位的瘘管，表现为皮下的条索状物，质地相对较硬，与高位肛瘘的瘘管位置更深、更难直接触摸到不同。低位肛瘘的外口周围红肿等炎症表现相对局限，而高位肛瘘外口周围炎症可能不明显，但瘘管走行更深。
二、检查方面
（一）肛门指检
医生进行肛门指检时，对于低位肛瘘可以较清晰地触及到瘘管。低位肛瘘的瘘管位于肛门括约肌浅层以下，肛门指检时能感觉到皮下的条索状结构，而高位肛瘘的瘘管则位于括约肌深层以上，肛门指检较难触及到明显的瘘管条索。例如有临床研究显示，通过肛门指检判断低位肛瘘的准确率可达70%-80%左右，而对于高位肛瘘的判断准确率相对较低，因为高位肛瘘的瘘管位置深在。
（二）探针检查
用探针探查瘘管时，低位肛瘘的探针容易从外口深入，顺着皮下即可到达内口，内口多位于齿状线附近。而高位肛瘘的探针探查时，探针深入较困难，且内口位置相对更隐蔽，探针很难顺利到达内口，即使到达内口，走行的路径也更复杂，多经过括约肌深层等结构。
（三）影像学检查
超声检查：肛管直肠超声对于判断肛瘘位置有一定帮助。低位肛瘘在超声下可见皮下低回声的瘘管结构，走行表浅，而高位肛瘘的瘘管位于括约肌深层及以上，超声下显示的瘘管位置更深，周围组织的超声表现也有所不同。一般经直肠超声检查低位肛瘘时，可以清晰显示出表浅的瘘管与肛门括约肌的关系，而高位肛瘘的瘘管与括约肌的关系显示相对复杂且位置更深。
MRI检查：磁共振成像（MRI）是判断肛瘘位置的金标准之一。低位肛瘘在MRI上表现为瘘管位于肛门括约肌浅层以下，瘘管周围的炎症反应等表现相对局限在较低位置；高位肛瘘则表现为瘘管跨越肛门括约肌深层，甚至涉及括约肌上方的间隙，瘘管走行更深，范围相对更广。例如一项大型的临床研究通过MRI对比发现，低位肛瘘的MRI表现具有明显的表浅性特点，而高位肛瘘则有更深层结构受累的特征。
三、病程与病史相关
如果患者有肛瘘病史，低位肛瘘一般病程中炎症发作相对局限，多次发作的低位肛瘘外口周围改变相对集中在较低位置，而高位肛瘘由于瘘管位置深，炎症扩散范围更广，病程中可能出现更复杂的肛周间隙感染等情况。例如一些慢性低位肛瘘患者，外口长期存在，反复有分泌物排出，但感染范围始终局限在肛门周围较浅部位，而高位肛瘘患者可能会出现多个间隙的感染，病情相对更复杂。不同年龄、性别患者判断低位肛瘘的基本依据是相同的，但在儿童患者中，由于其肛门括约肌等结构相对更稚嫩，检查时需更加轻柔，但判断的核心要点还是基于症状、肛门指检、影像学等方面的表现与低位肛瘘的特征相符。对于有特殊生活方式的患者，如长期久坐、不注意肛门卫生等，判断低位肛瘘时同样要依据上述的症状、检查等情况，因为这些生活方式因素可能会诱发肛瘘，但判断肛瘘位置的本质还是基于肛瘘本身的解剖位置相关表现。
