直肠阴道瘘的成因包括先天性因素（胚胎发育异常致泄殖腔分隔不全）、后天性因素（分娩损伤、盆腔手术损伤、炎症性肠病、放射性损伤等，分娩损伤分难产及会阴侧切或撕裂修复不当，盆腔手术损伤含妇科和直肠手术，炎症性肠病有克罗恩病和溃疡性结肠炎，盆腔恶性肿瘤放疗后可致放射性损伤）。
一、先天性因素
（一）胚胎发育异常
在胚胎发育过程中，泄殖腔分隔不完全等情况可导致直肠阴道瘘的发生。正常胚胎发育至第7-8周时，泄殖腔被尿直肠隔分为背侧的直肠和腹侧的尿生殖窦，若分隔异常，就可能使直肠与阴道之间形成异常通道。这种先天性的胚胎发育异常在女性婴儿中可能存在，与胎儿在母体内的发育环境等因素相关，一般在出生后即可发现相关症状，但也有部分可能因症状不典型而延迟发现。
二、后天性因素
（一）分娩损伤
1.难产相关
长时间的难产，尤其是第二产程延长时，胎儿先露部对阴道后壁及直肠的压迫时间过长，可导致局部组织缺血、坏死，进而形成直肠阴道瘘。例如，胎儿较大、胎位异常（如持续性枕后位、枕横位等）时，分娩过程中对产道的压迫更易造成损伤。经阴道助产操作，如产钳助产、胎头吸引器助产等，如果操作不当，也可能直接损伤直肠和阴道，引发直肠阴道瘘。
对于产妇来说，分娩损伤是成年女性发生直肠阴道瘘的重要原因之一，不同年龄的经产妇都可能面临这种风险，年龄较大的产妇由于组织弹性等下降，相对更易出现分娩相关的产道损伤。
2.会阴侧切或会阴撕裂修复不当
会阴侧切术后如果缝合不当，或者会阴撕裂伤在修复过程中对直肠组织处理不佳，没有准确对合组织层，就可能导致直肠阴道瘘的形成。比如缝合时缝线穿透直肠黏膜但未被及时发现和正确处理，随着时间推移，局部组织愈合不良，进而形成瘘管。这种情况在会阴侧切或撕裂修复术后的产妇中较为常见，与手术操作技术及术后护理等因素有关。
（二）盆腔手术损伤
1.妇科手术
如宫颈癌根治术、阴道成形术等妇科手术过程中，如果手术操作不慎，可能损伤直肠与阴道之间的组织。例如在宫颈癌根治术时，需要广泛切除盆腔组织，包括部分直肠周围组织，如果对直肠与阴道的解剖关系辨认不清或操作粗暴，就容易误伤直肠，导致术后直肠阴道瘘的发生。这类手术多见于有妇科恶性肿瘤等疾病的患者，手术范围较大，解剖结构复杂，增加了损伤的风险。
不同年龄段患有妇科疾病需要进行相关手术的女性都可能面临这种风险，对于年轻患者，手术时更需精细操作以减少对周围组织的损伤。
2.直肠手术
直肠肿瘤切除术等直肠手术，如果手术中对阴道组织造成误伤，也可能引发直肠阴道瘘。比如直肠前壁肿瘤切除时，若靠近阴道，操作不当就可能损伤阴道，导致术后直肠阴道瘘。这类情况在因直肠疾病需要进行手术的患者中存在，手术医生需要精准操作以避免相邻器官的损伤。
（三）炎症性肠病
1.克罗恩病
克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可累及胃肠道的任何部位，当病变累及直肠和阴道周围组织时，炎症的长期刺激可导致肠壁与阴道之间的组织破坏，形成直肠阴道瘘。克罗恩病的发病机制与免疫异常等多种因素相关，患者多为中青年，女性也可患病，疾病呈慢性迁延过程，炎症反复发作可逐渐破坏组织，增加直肠阴道瘘的发生风险。
2.溃疡性结肠炎
溃疡性结肠炎主要累及直肠和结肠黏膜，当病情严重且范围广泛时，炎症可能向周围组织蔓延，累及阴道周围组织，进而导致直肠阴道瘘的形成。溃疡性结肠炎的发病与遗传、免疫等因素有关，患者以青壮年多见，女性患者也可能受到影响，病情活动期时肠道炎症反应强烈，容易波及邻近组织。
（四）放射性损伤
1.盆腔恶性肿瘤放疗后
盆腔部位的恶性肿瘤，如宫颈癌、直肠癌等进行放射治疗后，射线可损伤直肠和阴道的组织细胞，导致组织纤维化、血管闭塞等，进而使直肠与阴道之间的组织出现坏死、破溃，形成直肠阴道瘘。放疗的剂量、照射范围等因素都会影响放射性损伤的程度，接受盆腔放疗的患者，无论是年轻还是老年，都可能在放疗后出现这种并发症，一般在放疗后数月至数年逐渐出现相关症状。
